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Performance Steigerung - Preallocate Array

 

Levinn
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Beiträge: 3
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Wohnort: ---
Version: ---
     Beitrag Verfasst am: 18.09.2017, 09:39     Titel: Performance Steigerung - Preallocate Array
  Antworten mit Zitat      
Hallo Zusammen,

Ich versuche gerade bei folgendem Code die Performance zu verbessern; daher habe ich versucht, der Aufforderung von Matlab "preallocate arrays" nachzukommen! Ich schätze, diese Aufforderung habe ich falsch umgesetzt, jedoch kann ich den Fehler nicht finden Confused

Code:
mainfolder=uigetdir;
path = fullfile(mainfolder,'seq2mat');
mkdir(path);
tic
allFolder   = strsplit(genpath(mainfolder), pathsep);
allFolder   = allFolder(1:end-1);
Tif_Folder = cell(length(allFolder)); %attempt to preallocate
for k = 1:length(allFolder)
     ordner  = allFolder{k};
     if any(size(dir([ordner '/*.tif' ]),1))==0 %check whether folder contains tif-files
        continue
        else
            Tif_Folder{k}=[ordner]; %PREALLOCATE
     end
end
Tif_Folder=Tif_Folder';
Tif_Folder=Tif_Folder(~cellfun('isempty',Tif_Folder));  

for l=1:length(Tif_Folder)
files=dir(fullfile(Tif_Folder{l},'*.tif'));
First_filname=fullfile(Tif_Folder{l},files(1).name);
I_1st = imread(First_filname);

x_dim=size(I_1st,1);
y_dim=size(I_1st,2);
t_dim=length(files);
IMG= zeros(x_dim,y_dim,t_dim); %attempt to preallocate

for t = 1:length(files);
   filname=fullfile(Tif_Folder{l},files(t).name);
   I = imread(filname);
   I=mat2gray(I);
   I=rgb2gray(I);
   IMG(:,:,t)=I; %PREALLOCATE
end
    save([path '/IMG_' num2str(l) '.mat'],'IMG')
    clear IMG
end
toc



Vielen Dank für Verbesserungsvorschläge!
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Harald
Forum-Meister

Forum-Meister


Beiträge: 17.537
Anmeldedatum: 26.03.09
Wohnort: Nähe München
Version: ab 2014a
     Beitrag Verfasst am: 20.09.2017, 10:50     Titel:
  Antworten mit Zitat      
Hallo,

Zitat:
Ich schätze, diese Aufforderung habe ich falsch umgesetzt

Woraus schließt du das?

Bei längerem Code bitte angeben, um welche Stellen es geht. Auf Anhieb fällt mir auf:
Code:
Tif_Folder = cell(1, length(allFolder)); % sonst wird eine quadratische Matrix erstellt
 


Vielleicht ginge das ganze auch viel einfacher. Seit R2016b arbeitet dir rekursiv. Z.B. gibt folgendes eine Liste aller .tif-Dateien im momentanen Verzeichnis oder einem Unterverzeichnis:
Code:
list = dir('C:\work\**\*.tif')
fullfile({list.folder}', {list.name}')


Grüße,
Harald
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Jan S
Moderator

Moderator


Beiträge: 10.481
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Wohnort: Heidelberg
Version: 2009a, 2016b
     Beitrag Verfasst am: 25.09.2017, 15:02     Titel: Re: Performance Steigerung - Preallocate Array
  Antworten mit Zitat      
Hallo Levinn,

Ein paar Kommentare zum Code:

Code:
% "path" ist ein wichtiger Matlab-Befehl. Ihn mit einer lokalen Variable zu überschreiben,
% kann zu unerwartetem Verhalten führen. Besser "PathName".
path = fullfile(mainfolder,'seq2mat');

% genpath hat einige Einschränkungen: Ordner, deren Namen mit "+" oder "@" beginnen,
% \private heißen etc. werden ignoriert. Das mag selten vorkommen, aber falls es
% doch mal geschieht, wird der Benutzer lange grübeln, woran es hängt. Im
% FileExchange gibt es viele Methoden zur rekursiven Suche und siehe
% Haralds Kommentar zu >= R2016b und "**"
allFolder   = strsplit(genpath(mainfolder), pathsep);

% cell(n) erzeugt eine {n x n} cell matrix.
Tif_Folder = cell(length(allFolder)); %attempt to preallocate
% Besser:
Tif_Folder = cell(length(allFolder), 1);

     if any(size(dir([ordner '/*.tif' ]),1))==0 %check whether folder contains tif-files
% Besser:
     if ~isempty(dir(fullfile(ordner, '\*.tif')))
            Tif_Folder{k}= ordner;
            % Ohne eckige Klammern. Und dies ist KEIN "PREALLOCATE"
     end
end

Tif_Folder=Tif_Folder';  % Unnötig, wenn man gleich cell(length(allFolder), 1) hat
 


Gruß, Jan
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