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2D Matrix Verschiebung - später zu 3D Körper

 

JanInfoMed
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     Beitrag Verfasst am: 30.08.2019, 10:47     Titel: 2D Matrix Verschiebung - später zu 3D Körper
  Antworten mit Zitat      
Code:
kx = -35:0.1:5;
ky = -5:0.1:65;
[X,Y] = meshgrid(kx,ky);
a = 90:0.5:95;  %E-Strahlung Abstand von 90 - 95 cm
xa=(95*(x+1))/100;  %Berechnung der Divergenz für jeden Punkt x und y und wir dann in xa und ya gespeichert mit z.B. 95 cm
ya=(95 * (y+1))/100;
ina = inpolygon (X,Y,xa,ya); %Speicherung der Matritzen in "ina" - eine 2D Ebene entsteht.
imshow(ina);



Mein Problem ist, dass meine Matrix von X, Y und ina (701x401) groß ist und ich möchte ja gerne das es in 3D ausgegeben wird mit dem Abstand 95 cm oder 93 cm oder 90 cm. Die Datei ist normalerweise so gespeichert das es 100 cm sind. Wie kann ich das am besten machen ?
Meine neue Matrix ist (61x101x20) groß und ist dann somit ein "Würfel" also 3D und kann dann auch später für mein 3D Drucker, die Informationen übernehmen

[EDITED, Jan, Bitte Code-Umgebung verwenden - Danke!]

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     Beitrag Verfasst am: 02.09.2019, 10:32     Titel: 3D Körper erstellt, nur die Glättung bzw Verfeinerung fehl
  Antworten mit Zitat      
Code:
clear
name='010010_XBlock';
blockdistance=67.2;
blockhoehe=5;

info=dicominfo(name);
sz=size(info.BeamSequence.Item_1.BlockSequence.Item_1.BlockData,1);
b(:,1)=info.BeamSequence.Item_1.BlockSequence.Item_1.BlockData(1:2:sz)/10;
b(:,2)=info.BeamSequence.Item_1.BlockSequence.Item_1.BlockData(2:2:sz)/10;
kx = -10:.1:10;
ky = -10:.1:10;
kz = blockdistance:-0.1:blockdistance-blockhoehe;
sz_x=size(kx,2);
sz_y=size(ky,2);
sz_z=size(kz,2);
bin=nan(sz_y,sz_x,sz_z);
[X,Y] = meshgrid(kx,ky);
for i=1:sz_z
    x=kz(i)*b(:,1)/100;
    y=kz(i)*b(:,2)/100;
    bin(:,:,i)=inpolygon (X,Y,x,y);
end


mit dem Code und dem Befehl das ich das in stl konvertiere, funktioniert.
make_STL_of_Array('test.stl',bin,0.1,0.1,0.1);


Nur das Problem ist, das ich den Körper nicht mit Ecken und Kanten haben will und ich den Körper glätten bzw. verfeinern will.
Ich habe smoothpatch angewendet, aber es funktioniert nicht so ganz.

[EDITED, Jan, Bitte Code-Umgebung verwenden - Danke!]

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     Beitrag Verfasst am: 02.09.2019, 13:17     Titel: kleiner Erfolg beim Glätten und Verfeinern
  Antworten mit Zitat      
clear
name='010010_XBlock';
blockdistance=67.2;
blockhoehe=5;

info=dicominfo(name);
sz=size(info.BeamSequence.Item_1.BlockSequence.Item_1.BlockData,1);
b(:,1)=info.BeamSequence.Item_1.BlockSequence.Item_1.BlockData(1:2:sz)/10;
b(:,2)=info.BeamSequence.Item_1.BlockSequence.Item_1.BlockData(2:2:sz)/10;
kx = -10:.1:10;
ky = -10:.1:10;
kz = blockdistance:-0.1:blockdistance-blockhoehe;
sz_x=size(kx,2);
sz_y=size(ky,2);
sz_z=size(kz,2);
bin=nan(sz_y,sz_x,sz_z);
[X,Y] = meshgrid(kx,ky);
for i=1:sz_z
x=kz(i)*b(:,1)/100;
y=kz(i)*b(:,2)/100;
bin(:,:,i)=inpolygon (X,Y,x,y);
end
make_STL_of_Array('test.stl',bin,0.1,0.1,0.1);
copyfile(fullfile(matlabroot,'extern','examples','mex','explore.c'),'.','f')
mex -setup
mex smoothpatch_curvature_double.c -v
mex smoothpatch_inversedistance_double.c -v
mex vertex_neighbours_double.c -v
bin = squeeze(bin);
FV = isosurface (bin,1);
load MRI
FV = isosurface(bin(:,:,Smile);
FV2=smoothpatch(FV,1,5);
subplot(1,2,1), patch(FV,'FaceColor',[1 0 0],'EdgeAlpha',0); view(3); camlight
subplot(1,2,2), patch(FV2,'FaceColor',[0 0 1],'EdgeAlpha',0); view(3); camlight

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     Beitrag Verfasst am: 03.09.2019, 09:52     Titel: Verfeinerung ist erfolgreich
  Antworten mit Zitat      
clear
name='010010_XBlock';
blockdistance=67.2;
blockhoehe=5;

info=dicominfo(name);
sz=size(info.BeamSequence.Item_1.BlockSequence.Item_1.BlockData,1);
b(:,1)=info.BeamSequence.Item_1.BlockSequence.Item_1.BlockData(1:2:sz)/10;
b(:,2)=info.BeamSequence.Item_1.BlockSequence.Item_1.BlockData(2:2:sz)/10;
kx = -10:.1:10;
ky = -10:.1:10;
kz = blockdistance:-0.1:blockdistance-blockhoehe;
sz_x=size(kx,2);
sz_y=size(ky,2);
sz_z=size(kz,2);
bin=nan(sz_y,sz_x,sz_z);
[X,Y] = meshgrid(kx,ky);
for i=1:sz_z
x=kz(i)*b(:,1)/100;
y=kz(i)*b(:,2)/100;
bin(:,:,i)=inpolygon (X,Y,x,y);
end

copyfile(fullfile(matlabroot,'extern','examples','mex','explore.c'),'.','f')
mex -setup
mex smoothpatch_curvature_double.c -v
mex smoothpatch_inversedistance_double.c -v
mex vertex_neighbours_double.c -v
bin = squeeze(bin);
load MRI
bin = isosurface(bin(:,:,Smile);
bin=smoothpatch(bin,1,80,0.2,1);
for i = 1:1
patch (bin,'facecolor',[1 1 1 ]);
[bin] = refinepatch(bin);
end
subplot(1,2,2), patch(bin,'FaceColor',[0 0 1],'EdgeAlpha',0); view(3); camlight
% Ergebnis bzw. Ziel -> make_STL_of_Array('test.stl',bin,0.1,0.1,0.1);
%Die Frage ist eher wie kann ich eher nach dem geglätten und verfeinerten
%Körper in STL umwandeln kann, da mein "bin" was x,y,z davor war.
%1x1 aktuelles "bin" -> vertices 18056x3 and faces 37258x3
%werde noch später schauen, das es bisschen kleiner wird, da es zu viel
%Speicherplatz verbrauchen würde

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     Beitrag Verfasst am: 03.09.2019, 10:18     Titel: Geschafft
  Antworten mit Zitat      
clear
name='010010_XBlock';
blockdistance=67.2;
blockhoehe=5;

info=dicominfo(name);
sz=size(info.BeamSequence.Item_1.BlockSequence.Item_1.BlockData,1);
b(:,1)=info.BeamSequence.Item_1.BlockSequence.Item_1.BlockData(1:2:sz)/10;
b(:,2)=info.BeamSequence.Item_1.BlockSequence.Item_1.BlockData(2:2:sz)/10;
kx = -10:.1:10;
ky = -10:.1:10;
kz = blockdistance:-0.1:blockdistance-blockhoehe;
sz_x=size(kx,2);
sz_y=size(ky,2);
sz_z=size(kz,2);
bin=nan(sz_y,sz_x,sz_z);
[X,Y] = meshgrid(kx,ky);
for i=1:sz_z
x=kz(i)*b(:,1)/100;
y=kz(i)*b(:,2)/100;
bin(:,:,i)=inpolygon (X,Y,x,y);
end
copyfile(fullfile(matlabroot,'extern','examples','mex','explore.c'),'.','f')
mex -setup
mex smoothpatch_curvature_double.c -v
mex smoothpatch_inversedistance_double.c -v
mex vertex_neighbours_double.c -v
bin = squeeze(bin);
load MRI
bin = isosurface(bin(:,:,Smile);
bin=smoothpatch(bin,1,80,0.2,1);
subplot(1,2,2), patch(bin,'FaceColor',[1 0 1],'EdgeAlpha',0); view(3); camlight
stlwrite('test.stl',bin)

habs jetzt bisschen anders gemacht, aber es funktioniert jetzt erstmal.
Mache jetzt wenn dann Detail-Arbeit und versuche dann später noch, das es für jede Datei funktioniert

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