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3d

chucky

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Verfasst am: 14.04.2011, 09:00 Titel: 3d

Hallo Leute,

ich habe Querschnitts Bilder von meinem Finger mit dem Mikroskop aufgenommen. Ich habe 1024 Bilder als *.jpg vorliegen.

Ich habe diese schon alle in eine Matrix eingelesen,

Wie kann ich meinen Finger als 3d darstellen, also alle bilder nebeneinander plotten?

hoffe ihr könnt mir helfen

danke

eupho

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Verfasst am: 14.04.2011, 09:30 Titel:

Wie wäre es mit einer google-Suche bevor du hier aufwendig einen Text verfasst?

Probier's mal mit:

Volume Visualization

chucky

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Verfasst am: 15.04.2011, 00:46 Titel:

Also über Volumen Visualisation habe ich schon gelesen.

Ich habe ungefähr das selbe Problem wie unten beschrieben:

Hi there.
I have become a bit stuck with a little project I am working on. I have a series of RGB Tiff images which I have loaded into matlab, over 120 seperate images in total. I am hoping to use the functionality of matlab to render a volume by stacking each of the 2D images one top of another. I would like to in matlab define a cube where at each z position there is a different image. I have managed to render grey scale values in the z direction but I loose most of the information I was hoping to gain from a 3D model.

What I would like is a GUI built which has a sliding scale at the bottom to go from 0 to 120 in the z direction and display the different images at the different locations.

leider gibt es keine antwort dazu Sad

hoffe ihr könnt mir weiter helfen

Ajax

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Verfasst am: 15.04.2011, 09:46 Titel:

Was genau meinst du mit Querschnittsbildern? Sind das Graustufenbilder wie bei einem CT? Falls das der Fall ist, vielleicht hilft dir das Programm "sliceomatic" weiter:
http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/764

mfg

Jan S

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Verfasst am: 15.04.2011, 15:42 Titel: Re: 3d

Hallo chucky,

Zitat:

ich habe Querschnitts Bilder von meinem Finger mit dem Mikroskop aufgenommen. Ich habe 1024 Bilder als *.jpg vorliegen.

Mal eine andere Frage: Hat das nicht wehgetan Deinen Finger in 1024 Scheiben zu schneiden?

Gruß, Jan

chucky

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Verfasst am: 17.04.2011, 05:19 Titel:

Die Bilder liegen als Farbbilder vor.

@ Jan, Nein es hat nicht wehgetan Wink

aber mich würde es freuen wenn du eine Idee hättest?

Harald

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Verfasst am: 17.04.2011, 12:37 Titel:

Hallo,

in der MATLAB-Hilfe gibt es einen Abschnitt, der sich ausschließlich mit diesem Thema auseinandersetzt:
http://www.mathworks.com/access/hel.....oc/visualize/f5-6010.html

Grüße,
Harald

chucky

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Verfasst am: 03.05.2011, 09:55 Titel:

Hallo Community,

ich habe mir die Artikel durchgelesen und auch die Über slice Techniken.

Habe mir überlegt dass wenn ich es schaffe slices anzuzeigen, dann komme ich schon weiter. Denn dann könnte ich eine GUI basteln indem man per Schiebebalken einfach die Werte für die slices ändert und so durch das Volumen scrollen kann.

Jedoch kriege ich es nicht hin das mir die slices angezeigt werden, die Bilder werden nur schwarz angezeigt.

Ich lese erst 10 zueinandergehörende Bilder ein. Diese liegen eigentlich als n x m x 3 uint8 vor... (512 x 1024 x 3 uint8)

Code:

img_dir = uigetdir;
cd (img_dir);
img_struct = dir('*.bmp');
img_files = {img_struct.name};
temp = rgb2gray(im2double(imread(img_files{1})));
number_img = 10;
img_stack = zeros([size(temp) number_img],class(temp));

for(i=1:number_img)
img_stack(:,:,i) = rgb2gray(im2double(imread(img_files{i})));
end

[x,y,z]=meshgrid(1:1024,1:512,1:10);
xslice = [1,100,300]; yslice = [1,100]; zslice = [1,5];
slice(x,y,z,img_stack,xslice,yslice,zslice)

Funktion ohne Link?

Leider werden einfach nur schwarze slices angezeigt

hoffe ihr könnt mir weiter helfen?

Harald

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Verfasst am: 03.05.2011, 11:31 Titel:

Hallo,

ohne das jetzt genauer zu untersuchen: das Problem könnte sein, dass die Gitterlinien so eng beieinander sind, dass du nichts farbiges dazwischen siehst. Probier mal am Ende:

Code:

shading interp

Funktion ohne Link?

Grüße,
Harald

chucky

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Verfasst am: 03.05.2011, 15:30 Titel:

danke Harald,

hat geklappt mit deinem Vorschlag.

Habe es eigentlich soweit ganz gut hin bekommen. Also kann über 3 scrollbalken jeweils in x,y, und z richtung slices erstellen und "rumslicen"...

das einzige was mich stört, dass es immer eine gewisse Zeit in Anspruch nimmt, bis das slice nach der Wertänderung per scrollbalken angezeigt wird.

Ich würde gerne in "Echtszeit" ohne Verzögerung das ganze haben?

Harald

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Verfasst am: 03.05.2011, 15:44 Titel:

Hallo,

liest du denn in dem Callback jedes Mal die Bilder von neuem von der Festplatte ein? Dann wäre es kein Wunder, dass das dauert.
Vorschlag:
1. Bilder einmal einlesen (z.B. in der OpeningFcn) und mit setappdata in der Figure speichern
2. Mit getappdata nur die Daten von der Figure holen.

Grüße,
Harald

chucky

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Verfasst am: 03.05.2011, 15:58 Titel:

lese die bilder nur einmal per einen load button ein:

Code:

function load_Callback(hObject, eventdata, handles)

img_dir = uigetdir;
cd (img_dir);
img_struct = dir('*.bmp');
img_files = {img_struct.name};
temp = rgb2gray(im2double(imread(img_files{1})));
number_img = 10;
handles.img_stack = zeros([size(temp) number_img],class(temp));
for(i=1:number_img)
handles.img_stack(:,:,i) = rgb2gray(im2double(imread(img_files{i})));
end
guidata(hObject, handles);

Funktion ohne Link?

und anschließend für jeden slider in der callbackfunction je nach dem Welcher slider ändere ich nur den x,y oder z wert:

Code:

function yslider_Callback(hObject, eventdata, handles)
wert=uint16(get(handles.yslider,'Value'));
set(handles.yval,'Userdata',wert);
set(handles.yval,'String',num2str(wert));

handles.yslice=get(handles.yslider,'Value');
slice(handles.x,handles.y,handles.z,handles.img_stack,handles.xslice,handles.yslice,handles.zslice)
shading interp
guidata(hObject, handles);

Funktion ohne Link?

Harald

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Verfasst am: 03.05.2011, 16:05 Titel:

Hallo,

da fällt mir als Möglichkeit nur noch ein, die Auflösung der Bilder zu verkleinern. Wenn du z.B. "nur" 256 x 512 nimmst, dürfte die Auslösung kaum sichtbar leiden, das ganze aber 4 Mal so schnell aktualisieren.

Grüße,
Harald

chucky

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Verfasst am: 03.05.2011, 16:17 Titel:

danke harald,

wie kann ich die Auflösung verringern und dabei möglichst keine Nachteile zu haben?

chucky

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Verfasst am: 03.05.2011, 16:27 Titel:

danke harald habe es einfach per imresize halbiert.

Ist schon schneller.

Gibt es auch eine Möglichkeit den Wert des Ladebalkens auszulesen während ich die Maus gedrückt halte. (und zwar wenn ich nicht auf die Pfeile vom Balken klicke, sondern den Balken selbst verschiebe)??

Weil wenn ich den Balken selbst verschiebe, wird das Bild erst angezeigt wenn ich loslasse?


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