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400 Bilder nacheinander einlesen und bearbeiten

norm85

Gast


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Verfasst am: 19.11.2009, 15:05 Titel: 400 Bilder nacheinander einlesen und bearbeiten

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Hi Leute

ich hab schon hier im Forum gesucht aber keine passende Lösung gefunden.

Ich hab Bilder von 001.tif bis 399.tif und will die alle einlesen, so dass ich sie bearbeiten kann.

Das folgende Programm ist meine Bildbearbeitung. Ich will dann alle 399 Bilder mit dem ersten sozusagen vergleichen und bräuchte dafür einen Befehl der alle Bilder als einzelne Matrizen in den Workspace lädt und dann einen Befehl der eine Art Laufvariable für die Benennung des zu bearbeitenden Bildes (hier B2) erstellt, so dass das Programm 398 bearbeitete Bilder (natürlich in Form von Matrizen) ausgespuckt. Wenn mir jemand helfen könnte, wäre das super.

Code:

%% Beschreibung
% MittelwertBer2.m

%% Start
clear
clc

%% Einlesen der Bilder
B1 = double(imread('001.tif'));
B2 = double(imread('036.tif'));

%% Parameterdefinition
Zaehler=0;
Summe=0;

%% Mittelwertberechnung
for i = 1:544
for j = 1:1024
if B2(i,j) <= 7500
HB2(i,j) = -65537; % 16-Bit + 1
else
HB2(i,j) = B2(i,j);
end
if B2(i,j)>7500
Zaehler = Zaehler+1;
Summe = Summe+B2(i,j);
end
end
end

Mittelwert = Summe/Zaehler;

%% Bildberechnung
B3 = HB2 - B1 + Mittelwert;
for i=1:544
for j=1:1024
if B3(i,j) < 0
B3(i,j) = 0;
else
B3(i,j) = B3(i,j);
end
end
end
B4 = uint16(B3);
B5 = mat2gray(B4);
figure;imshow(B5);

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Verfasst am: 19.11.2009, 15:44 Titel:

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Also das mit der Syntax des Einlesens sollte recht einfach gehen. So kann z. B. der Dateiname gebildet werden:

Code:

for k1=0:3
for k2=0:9
for k3=0:9
[num2str(k1), num2str(k2), num2str(k3), '.tif']
end
end
end

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Andreas

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Verfasst am: 19.11.2009, 15:49 Titel:

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ich habe noch ein paar Beobachtungen und Anmerkungen:

400 Bilder 1024x544, 16 Bit dürfte in den Speciher passen - 425 MB. Aber wenn die Bilder in Double umgewanelt werden ist das kaum möglich (mit 32 Bit Systemen). Von der Aufagbe scheint aber nichts dagegen zu sprechen Bild 2 zu löschen wenn Bild 3 eingelsen wird usw.

Ich verstehe nicht warum überhaupt DOUBLE Konversion nötig ist. Und warum die (langsamen) Schleifen für die Bildung eines Mittelwertes?

Andreas

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Verfasst am: 19.11.2009, 16:04 Titel:

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Andreas Goser hat Folgendes geschrieben:

Also das mit der Syntax des Einlesens sollte recht einfach gehen. So kann z. B. der Dateiname gebildet werden:

Code:

for k1=0:3
for k2=0:9
for k3=0:9
[num2str(k1), num2str(k2), num2str(k3), '.tif']
end
end
end

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Andreas

ja solch ähnliche Ideen hatte ich auch schon. Aber wie krieg ich es hin dass er 001.tif zu A macht und dann 002.tif zu B und so weiter...

Wenn ich

Code:

for k1=0:3
for k2=0:9
for k3=0:9
img = imread([num2str(k1), num2str(k2), num2str(k3), '.tif']);
end
end
end

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mache, liest er zwar alle ein aber überschreibt dann ja alle und es bleibt nur 399.tif. Ich bräuchte also einen aufsteigenden Namen für die linke Seite des Gleichheitszeichen. Und das weiß ich leider nicht wie es geht.

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Verfasst am: 19.11.2009, 16:04 Titel:

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Hallo,

das Bilden des Dateinamens geht noch schöner:

edit für verschiedene Variablen:

Code:

for I = 1:399
assignin('caller', ['bild' num2str(I)], imread(sprintf('%03d.tif', I)))
end

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vielleicht erst mal mit 10 statt 399 probieren...

Grüße,
Harald

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Verfasst am: 19.11.2009, 16:09 Titel:

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Andreas Goser hat Folgendes geschrieben:

Ich verstehe nicht warum überhaupt DOUBLE Konversion nötig ist.
Andreas

weil sonst dieses entsteht

??? Error using ==> minus
Integers can only be combined with integers of the same class, or scalar doubles.

Error in ==> MittelwertBer2 at 37
B3 = HB2 - B1 + Mittelwert;

Andreas Goser hat Folgendes geschrieben:

Und warum die (langsamen) Schleifen für die Bildung eines Mittelwertes?
Andreas

weil mir kein besserer Weg einfällt Wink

Wink

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Verfasst am: 19.11.2009, 16:10 Titel:

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Hallo,

die Dateinamen kannst Du Dir in einer Schleife erzeugen und dann die Bilder einlesen:

Code:

for idx = 0:399
filename = sprintf('%03d.tif',idx);
...
end

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Ansonste würde ich auf jeden Fall auf einige Schleifen verzichten:
Beispiel Bildberechnung:

Code:

B3 = HB2 - B1 + Mittelwert;
B3(B3<0) = 0;

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Auf ähnliche Weise (mit Hilfe logischer Indizierung) kannst Du auch die erste Schleife entfernen.

Zum Speichern von mehreren Bildern:
Wenn Sie die gleiche größe haben, kannst Du folgendes machen:

Code:

% Speicher reservieren; es ist auch möglich direkt den gewünschten %Datentyp anzugeben (siehe doc zeros)
Bilder = zeros(200,300,10) % Bildbreite 300, Bildhöhe 200, Anzahl Bilder 10
Bilder(:,:,1) = Bild1;
Bilder(:,:,2) = Bild2;

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Viele Grüße,

LittleX

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Verfasst am: 19.11.2009, 16:27 Titel:

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Harald hat Folgendes geschrieben:

Hallo,

das Bilden des Dateinamens geht noch schöner:

edit für verschiedene Variablen:

Code:

for I = 1:399
assignin('caller', ['bild' num2str(I)], imread(sprintf('%03d.tif', I)))
end

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vielleicht erst mal mit 10 statt 399 probieren...

Grüße,
Harald

Super das funktioniert.

Aber ich hab natürlich noch weitere Fragen.

Jetzt lädt das Programm ja alle Bilder und benennt sie sinnvoll. Wie kann ich jetzt die Mittelwertberechnung so abändern dass das Programm diese für alle Bilder durchführt. Da müsste ich ja dann B2 (oben im Quellcode ersichtlich) so ändern, dass er auch hochzählt. Müsste das auch über eine Schleife erfolgen? Wenn ja wie müsste dann B2 aussehen.

Auch danke an die anderen die zwischendurch geschrieben haben, aber so schnell kann ich nciht alles ausprobieren Wink

Wink

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Verfasst am: 19.11.2009, 18:56 Titel:

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So ich hab das ganze jetzt so realisiert:

Code:

%% Mittelwertberechnung Gesamtprogramm
% Mittelwert_Gesamt.m

%% Clearen

clear
clc
clf

%% Einlesen aller Bilder und Berechnung

Zaehler = 0;
Summe = 0;

for q = 1:298
assignin('caller', ['Bild' num2str(q)], double(imread(sprintf('%03d.tif', q))));
Laufbild = evalin('caller', ['Bild' num2str(q)]);
for i = 1:544
for j = 1:1024
if Laufbild(i,j) <= 7500
Hilfsbild(i,j) = -65537; % 16-Bit + 1
else
Hilfsbild(i,j) = Laufbild(i,j);
end
if Laufbild(i,j) > 7500
Zaehler = Zaehler + 1;
Summe = Summe + Laufbild(i,j);
end
end
end
Mittelwert = Summe/Zaehler;
Summe = 0;
Zaehler = 0;
Laufbild = Hilfsbild - Bild1 + Mittelwert;
for a = 1:544
for b = 1:1024
if Laufbild(a,b) < 0
Laufbild(a,b) = 0;
else
Laufbild(a,b) = Laufbild(a,b);
end
end
end
Laufbild = uint16(Laufbild);
Laufbild = mat2gray(Laufbild);
figure;imshow(Laufbild);
saveas(gcf, ['CleanBild' num2str(q)], 'tif');
close
end

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wie ihr seht nutze ich

Code:

figure;imshow(Laufbild);
saveas(gcf, ['CleanBild' num2str(q)], 'tif');
close

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zum speichern weil ich nix anderes gefunden habe was meinen Anforderungen entspricht. Wenn da jemand einen weniger speicherintensiven Weg weiß würd ich mich über Tipss freuen.

Und wenn euch noch weiteres zum Optimieren auffällt würd ich mich auch freuen, weil ich nun nciht wirklich Ahnung habe Wink

Wink

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Verfasst am: 20.11.2009, 10:18 Titel:

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Hallo,

warum nutzt nicht imwrite-Funktionen zu ausschreiben der Bilder

Code:

Laufbild = uint16(Laufbild);
Laufbild = mat2gray(Laufbild);
imwrite(Laufbild, ['CleanBild' num2str(q),'.tif'], 'tif')

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Verfasst am: 23.11.2009, 13:16 Titel:

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Hi Denny

ich danke dir. Habe es so umgesetzt und nun funktioniert es wie gewünscht.

grüße
norm

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Verfasst am: 23.11.2009, 18:39 Titel:

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Hallo,

man könnte natürlich versuchen, da ein paar Schleifen loszuwerden:

Code:

for a = 1:544
for b = 1:1024
if Laufbild(a,b) < 0
Laufbild(a,b) = 0;
else
Laufbild(a,b) = Laufbild(a,b);
end
end
end

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wird zu:

Code:

Laufbild(Laufbild < 0) = 0

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Code:

for i = 1:544
for j = 1:1024
if Laufbild(i,j) <= 7500
Hilfsbild(i,j) = -65537; % 16-Bit + 1
else
Hilfsbild(i,j) = Laufbild(i,j);
end
if Laufbild(i,j) > 7500
Zaehler = Zaehler + 1;
Summe = Summe + Laufbild(i,j);
end
end
end

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wird zu:

Code:

indices = Laufbild <= 7500;
Hilfsbild = Laufbild;
Hilfsbild(indices) = -65537;
Zaehler = nnz(~indices);
Summe = sum(Laufbild(~indices));

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Das sollte deutlich effizienter und schneller sein. Bitte aber sicherheitshalber überprüfen, ob auch die gleichen Ergebnisse herauskommen.

Grüße,
Harald

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Verfasst am: 24.11.2009, 17:41 Titel:

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Hi Harald

danke für die Antwort. Funktioniert genauso gut nur natürlich schneller und weniger Speicherintensiv. Danke für die Hilfe. Wirklich ein gutes Forum hier.

Grüße
norm

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