zu 1.)
Mit einem PopUp meinst du wahrscheinlich ein neues figure. Beim Print wird nur der Inhalt der figure gedruckt, von welcher du den print-Befehl aufrufst.
zu 2.)
Wie nutzt du denn den print-Befehl? Wenn du das über einen Button o.ä. mit eigener Callback-Funktion machst, dann würde ich in der Callback-Funktion vor dem print-Befehl alle Elemente über set(handles.[..],'Visible','off'); ausblenden.
Wenn der Button wirklich verschwinden soll, ersetzt du bitte enable durch visible.
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