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corrcoef NaN ignorieren
 

stevorino
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Version: R2007b
     Beitrag Verfasst am: 24.03.2014, 11:46     Titel: corrcoef NaN ignorieren
  Antworten mit Zitat      
Hallo,

Ich habe folgendes Problem:
Ich habe 2 Matrizen A und B (je 259200 x 31).
Diese enthalten viele NaNs, wobei die Positionen der NaNs zwischen den beiden Matrizen nicht immer übereinstimmt.

Jetzt möchte ich eine Matrix mit correlation coefficients berechnen.

Code:
row=360;
column=720;


Code:
R=[];
for i=1:row*column
    if length(A(i,~isnan(A(i,:))))==1
        R(i)=NaN;
    else
    Rmat=corrcoef(A(i,~isnan(A(i,:))),B(i,~isnan(A(i,:))));
    R(i)=Rmat(1,2);
    end
end


Das Problem ist, dass ich nicht weiß, wie man hier die NaNs ignorieren kann. Im Moment bekomme ich für R ein NaN, sobald 1 oder mehrere NaNs in A (i,: ) oder B (i,: ) enthalten sind. Wenn ich die NaNs auf Null setzten würde, wäre das Ergebnis verfälscht.

Kann mir hier jemand helfen. Ich möchte eben R auch für jene Fälle berechenen, wo NaNs enthalten sind, diese sollen irgendwie ignoriert werden.

Viele Grüße,
Stno
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Harald
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Version: ab 2017b
     Beitrag Verfasst am: 24.03.2014, 11:56     Titel:
  Antworten mit Zitat      
Hallo,

ich würde nancov (Statistics Toolbox) und cov2corr (Financial Toolbox) verwenden. Sollte letztere nicht zur Verfügung stehen, kann man sicher auch anderweitig der Kovarianz zur Korrelation kommen.

Grüße,
Harald
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stevorino
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Version: R2007b
     Beitrag Verfasst am: 24.03.2014, 12:34     Titel:
  Antworten mit Zitat      
Danke für die Antwort,

leider verwende ich R2007b (kein nancov).

Viele Grüße,
Stno
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BlackDread
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Version: 2015a
     Beitrag Verfasst am: 24.03.2014, 13:48     Titel:
  Antworten mit Zitat      
Hallo stevorino,

im FEX gibt es ein nancov.
http://www.mathworks.com/matlabcent.....1-0a/content/cov/nancov.m

Vielleicht hilft dir das ja Wink

Grüße
Chris
_________________

--> Kapieren statt Kopieren <---
____________________________________________________
FAQs sind dazu da, FAQs zu beantworten Wink
Richtig fragen!
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Harald
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Version: ab 2017b
     Beitrag Verfasst am: 24.03.2014, 14:00     Titel:
  Antworten mit Zitat      
Hallo stevorino,

trage doch bitte das verwendete Release in dein Profil ein, dann kann man das bei der Erstellung von Antworten berücksichtigen.
Wobei mir zugegebenermaßen nicht klar war, dass nancov erst später hinzugekommen ist.

Auf File Exchange gibt es auch ein nancorr:
http://www.mathworks.de/matlabcentral/fileexchange/35501-nancorr
Grüße,
Harald
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stevorino
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     Beitrag Verfasst am: 24.03.2014, 15:23     Titel:
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Danke für Eure Hilfe!

Ich werd das gleich mal testen.

Viele Grüße,
Stno
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stevorino
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     Beitrag Verfasst am: 25.03.2014, 11:11     Titel:
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Leider hilft das beides nicht wirklich weiter.

Mein Idee ist, dass ich in der Schleife immer zuerst die Vektoren beider Matrizen um die NaNs reduziere.

Also:
Code:
ix=isnan(A);
A=A(~ix);
B=B(~ix);


Code:
iy=isnan(B);
B=B(~iy);
A=A(~iy);


Code:
A(isnan(A))=[];
B(isnan(B))=[];


Allerdings weiß ich nicht, wie ich das in die Schleife einbauen kann.

Hat jemand einen Vorschlag?

Viele Grüße,
Stno
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Harald
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     Beitrag Verfasst am: 25.03.2014, 12:00     Titel:
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Hallo,

mir ist nicht klar, was die Schleife überhaupt bezwecken soll.

Wenn etwas nicht weiterhilft, dann bitte erläutern, warum es nicht weiterhilft.

Grüße,
Harald
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stevorino
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     Beitrag Verfasst am: 25.03.2014, 12:08     Titel:
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Hallo Harald,

Die Schleife soll bezwecken, dass alle einzelnen Zeilenvektoren der beiden Matrizen (259200 x 31) miteinander und nacheinander korreliert werden, und anschließend der jeweilige correlation coefficent in die Matrix R (360 x 720) geschrieben wird.

Im Moment bekomme ich als ergebnis fast ausschließlich NaNs in R, weil eben die NaNs in den Zeilenvektoren nicht ignoriert werden.

Deshalb möchte ich in der Schleife immer zuerst die beiden Zeilenvektoren um die NaNs reduzieren, bevor der corrcoef berechnet wird.

Viele Grüße,
Stno
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Harald
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     Beitrag Verfasst am: 25.03.2014, 12:18     Titel:
  Antworten mit Zitat      
Hallo,

was heißt "miteinander und nacheinander", insbesondere das "nacheinander"?
Wie kommst du von 259200 x 31 auf 360 x 720?

Zu deiner letzten Idee: das würde ich so machen:
Code:
idx = isnan(A) | isnan(B);
A(idx) = [];
B(idx) = [];


Grüße,
Harald
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stevorino
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     Beitrag Verfasst am: 25.03.2014, 12:37     Titel:
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Hallo Harald,

Danke für Deine Antwort.

Zitat:
was heißt "miteinander und nacheinander", insbesondere das "nacheinander"?


Ok. Es sollen alle Zeilenvektoren korreliert werden. Also, A (1,: ) mit B (1,: ) ... A (259200,: ) mit B (259200,: ). Diese enthalten wie gesagt NaNs. Deshalb möchte ich einen Zwischenschritt einführen, wo die NaNs gelöscht werden, bevor die berechneten Korrelationscoeffizienten in R geschreieben werden.

Zitat:
Wie kommst du von 259200 x 31 auf 360 x 720?


Ok. Jeder dieser 259200 Zeilenvektoren A und B ergibt einen Wert für R.
R ist (720 x 360). 259200/720 = 360.

Viele Grüße,
Stno
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Harald
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     Beitrag Verfasst am: 25.03.2014, 14:04     Titel:
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Hallo,

wie wärs hiermit?
Code:
R= zeros(1, row*column);
for i=1:row*column
iA = A(:,i);
iB = B(:,i);

idx = isnan(iA) | isnan(iB);
iA(idx) = [];
iB(idx) = [];
    Rmat=corrcoef(iA, iB);
    R(i)=Rmat(1,2);
    end
end


Da mir nicht klar ist, wie die 259200 Korrelationen in der Matrix angeordnet werden sollen, habe ich sie als Vektor erstellt. Die entsprechende Anpassung sollte mit reshape kein Problem sein.

Mir stellt sich im übrigen nach wie vor die Frage, warum du nancorrcoef nicht verwenden kannst.

Grüße,
Harald
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stevorino
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     Beitrag Verfasst am: 25.03.2014, 16:45     Titel:
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Hallo,

Nochmals vielen Dank für die Hilfe.

Habe es noch leicht modifiziert, jetzt funktioiert es.

Code:
R=zeros(1,row*column);
for i=1:row*column
iA=A(i,:);
iB=B(i,:);

idx=~isnan(iA);
idy=~isnan(iB);
id=idx.*idy;
id=logical(id);
iiA=iA(id);
iiB=iB(id);

Rmat=corrcoef(iiA,iiB);
if length(Rmat)>1
   R(i)=Rmat(1,2);
else
    R(i)=NaN;
end
end
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