Distanzen berechnen

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karschie

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	Version: ---

Verfasst am: 16.05.2008, 01:14 Titel: Distanzen berechnen

Hallo,

ich möchte aus zwei Distanzvektoren, die nicht die gleiche Länge haben, Abstände zwischen denk Punkten berechnen, um den kleinsten Abstand zu finden. Die Einträge der Vektoren sind der Größe nach von klein nach groß geordnet.

Im Moment, mach ich das so:

Code:

[X Y] = meshgrid(DNA_position(1,:),DNA_position(2,:));

dsb_counter=length(find(abs(Y-X)<3));

Funktion ohne Link?

Meshgrid frisst aber zu viel Zeit, weil mein Positionsvektorein paar Tausendeinträge hat und ich die Abstände sehr oft checken muss.

Hat jemand vielleicht eine Idee?

Viele Grüße,

karschie

steve

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	Beiträge: 2.022

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Verfasst am: 29.05.2008, 10:49 Titel:

*push*

Eine Lösung des Problems würde mich auch interessieren...
_________________

>> I told me to.

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Schon in den FAQ gesucht?
Ist vielleicht bei den Skripten oder den Tutorials was für dich dabei?

dabauer82

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Verfasst am: 29.05.2008, 12:04 Titel:

hilft das?

Code:

function dist = distancePoints3d(p1, p2, varargin)
%DISTANCEPOINTS3D compute euclidean distance between 3D Points
%
% D = distancePoints3d(P1, P2) return distance between points P1 and
% P2, given as [X Y Z].
%
% If P1 and P2 are two arrays of points, result is a N1*N2 array
% containing distance between each point of P1 and each point of P2.
%
%
% D = distancePoints3d(P1, P2, NOR)
% with NOR being 1, 2, or Inf, corresponfing to the norm used. Default is
% 2 (euclidean norm). 1 correspond to manhattan (or taxi driver) distance
% and Inf to maximum difference in each coordinate.
%
%
% See also :
% distancePointsN, minDistancePoints
%
% ---------
%
% author : David Legland
% INRA - TPV URPOI - BIA IMASTE
% created the 18/02/2005.
%

% HISTORY
% 21/02/2005 : add differnet norms

norm = 2;
if length(varargin)==1
norm = varargin{1};
end

% number of points of each array
n1 = size(p1, 1);
n2 = size(p2, 1);

% compute difference of coordinate for each pair of point ([n1*n2] array)
dx = repmat(p1(:,1), [1 n2])-repmat(p2(:,1)', [n1 1]);
dy = repmat(p1(:,2), [1 n2])-repmat(p2(:,2)', [n1 1]);
dz = repmat(p1(:,3), [1 n2])-repmat(p2(:,3)', [n1 1]);

switch(norm)
case 1
dist = abs(dx) + abs(dy) + abs(dz);
case 2
dist = sqrt(dx.*dx + dy.*dy + dz.*dz);
case Inf
dist = max([abs(dx) abs(dy) abs(dz)], [], 2);
otherwise
dist = power(power(dx, norm) + power(dy, norm) + power(dz, norm), 1/norm);
end

Funktion ohne Link?


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