Einlesen von .nii-Dateien und Ausgabe eines Vektorfeldes

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Viertann

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Verfasst am: 20.09.2013, 16:35 Titel: Einlesen von .nii-Dateien und Ausgabe eines Vektorfeldes

Hallo,
Ich bin absoluter Neuling in Matlab und habe ein Problem, was sich wohl am einfachsten in Matlab lösen lässt. Ich möchte nifti-Dateien in Matlab einlesen um anschließend das dahintersteckende Vektorfeld heraus zu bekommen. Hierzu habe ich ein Script gefunden, welches nifti-Dateien einlesen soll. Hier das Script mit Dokumentation:

Code:

% Load NIFTI or ANALYZE dataset. Support both *.nii and *.hdr/*.img
% file extension. If file extension is not provided, *.hdr/*.img will
% be used as default.
%
% A subset of NIFTI transform is included. For non-orthogonal rotation,
% shearing etc., please use 'reslice_nii.m' to reslice the NIFTI file.
% It will not cause negative effect, as long as you remember not to do
% slice time correction after reslicing the NIFTI file. Output variable
% nii will be in RAS orientation, i.e. X axis from Left to Right,
% Y axis from Posterior to Anterior, and Z axis from Inferior to
% Superior.
%
% Usage: nii = load_nii(filename, [img_idx], [dim5_idx], [dim6_idx], ...
% [dim7_idx], [old_RGB], [tolerance], [preferredForm])
%
% filename - NIFTI or ANALYZE file name.
%
% img_idx (optional) - a numerical array of 4th dimension indices,
% which is the indices of image scan volume. The number of images
% scan volumes can be obtained from get_nii_frame.m, or simply
% hdr.dime.dim(5). Only the specified volumes will be loaded.
% All available image volumes will be loaded, if it is default or
% empty.
%
% dim5_idx (optional) - a numerical array of 5th dimension indices.
% Only the specified range will be loaded. All available range
% will be loaded, if it is default or empty.
%
% dim6_idx (optional) - a numerical array of 6th dimension indices.
% Only the specified range will be loaded. All available range
% will be loaded, if it is default or empty.
%
% dim7_idx (optional) - a numerical array of 7th dimension indices.
% Only the specified range will be loaded. All available range
% will be loaded, if it is default or empty.
%
% old_RGB (optional) - a scale number to tell difference of new RGB24
% from old RGB24. New RGB24 uses RGB triple sequentially for each
% voxel, like [R1 G1 B1 R2 G2 B2 ...]. Analyze 6.0 from AnalyzeDirect
% uses old RGB24, in a way like [R1 R2 ... G1 G2 ... B1 B2 ...] for
% each slices. If the image that you view is garbled, try to set
% old_RGB variable to 1 and try again, because it could be in
% old RGB24. It will be set to 0, if it is default or empty.
%
% tolerance (optional) - distortion allowed in the loaded image for any
% non-orthogonal rotation or shearing of NIfTI affine matrix. If
% you set 'tolerance' to 0, it means that you do not allow any
% distortion. If you set 'tolerance' to 1, it means that you do
% not care any distortion. The image will fail to be loaded if it
% can not be tolerated. The tolerance will be set to 0.1 (10%), if
% it is default or empty.
%
% preferredForm (optional) - selects which transformation from voxels
% to RAS coordinates; values are s,q,S,Q. Lower case s,q indicate
% "prefer sform or qform, but use others if preferred not present".
% Upper case indicate the program is forced to use the specificied
% tranform or fail loading. 'preferredForm' will be 's', if it is
% default or empty. - Jeff Gunter
%
% Returned values:
%
% nii structure:
%
% hdr - struct with NIFTI header fields.
%
% filetype - Analyze format .hdr/.img (0);
% NIFTI .hdr/.img (1);
% NIFTI .nii (2)
%
% fileprefix - NIFTI filename without extension.
%
% machine - machine string variable.
%
% img - 3D (or 4D) matrix of NIFTI data.
%
% original - the original header before any affine transform.
%
% Part of this file is copied and modified from:
% http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/1878-mri-analyze-tools
%
% NIFTI data format can be found on: http://nifti.nimh.nih.gov
%
% - Jimmy Shen (jimmy !AT! rotman-baycrest.on.ca)
%
function nii = load_nii(filename, img_idx, dim5_idx, dim6_idx, dim7_idx, ...
old_RGB, tolerance, preferredForm)

if ~exist('filename','var')
error('Usage: nii = load_nii(filename, [img_idx], [dim5_idx], [dim6_idx], [dim7_idx], [old_RGB], [tolerance], [preferredForm])'); %FEHLER HIER (ZEILE 89)
end
if ~exist('img_idx','var') | isempty(img_idx)
img_idx = [];
end

if ~exist('dim5_idx','var') | isempty(dim5_idx)
dim5_idx = [];
end

if ~exist('dim6_idx','var') | isempty(dim6_idx)
dim6_idx = [];
end

if ~exist('dim7_idx','var') | isempty(dim7_idx)
dim7_idx = [];
end

if ~exist('old_RGB','var') | isempty(old_RGB)
old_RGB = 0;
end

if ~exist('tolerance','var') | isempty(tolerance)
tolerance = 0.1; % 10 percent
end

if ~exist('preferredForm','var') | isempty(preferredForm)
preferredForm= 's'; % Jeff
end

v = version;

% Check file extension. If .gz, unpack it into temp folder
%
if length(filename) > 2 & strcmp(filename(end-2:end), '.gz')

if ~strcmp(filename(end-6:end), '.img.gz') & ...
~strcmp(filename(end-6:end), '.hdr.gz') & ...
~strcmp(filename(end-6:end), '.nii.gz')

error('Please check filename.');
end

if str2num(v(1:3)) < 7.1 | ~usejava('jvm')
error('Please use MATLAB 7.1 (with java) and above, or run gunzip outside MATLAB.');
elseif strcmp(filename(end-6:end), '.img.gz')
filename1 = filename;
filename2 = filename;
filename2(end-6:end) = '';
filename2 = [filename2, '.hdr.gz'];

tmpDir = tempname;
mkdir(tmpDir);
gzFileName = filename;

filename1 = gunzip(filename1, tmpDir);
filename2 = gunzip(filename2, tmpDir);
filename = char(filename1); % convert from cell to string
elseif strcmp(filename(end-6:end), '.hdr.gz')
filename1 = filename;
filename2 = filename;
filename2(end-6:end) = '';
filename2 = [filename2, '.img.gz'];

tmpDir = tempname;
mkdir(tmpDir);
gzFileName = filename;

filename1 = gunzip(filename1, tmpDir);
filename2 = gunzip(filename2, tmpDir);
filename = char(filename1); % convert from cell to string
elseif strcmp(filename(end-6:end), '.nii.gz')
tmpDir = tempname;
mkdir(tmpDir);
gzFileName = filename;
filename = gunzip(filename, tmpDir);
filename = char(filename); % convert from cell to string
end
end

% Read the dataset header
%
[nii.hdr,nii.filetype,nii.fileprefix,nii.machine] = load_nii_hdr(filename);

% Read the header extension
%
% nii.ext = load_nii_ext(filename);

% Read the dataset body
%
[nii.img,nii.hdr] = load_nii_img(nii.hdr,nii.filetype,nii.fileprefix, ...
nii.machine,img_idx,dim5_idx,dim6_idx,dim7_idx,old_RGB);

% Perform some of sform/qform transform
%
nii = xform_nii(nii, tolerance, preferredForm);

% Clean up after gunzip
%
if exist('gzFileName', 'var')

% fix fileprefix so it doesn't point to temp location
%
nii.fileprefix = gzFileName(1:end-7);
rmdir(tmpDir,'s');
end

return % load_nii

Funktion ohne Link?

So wie ich die Dokumentation verstehe, ist die einzige zwingend notwendige Eingabe die Variable 'filename'. Jetzt habe ich versucht die Variable mit

Code:

filename = uigetfile('tensor.nii','Import file')

Funktion ohne Link?

zu definieren. Allerdings scheint das nicht so richtig zu funktionieren.
Matlab gibt mir dann folgenden Fehler aus

Code:

Error using load_nii (line 89)
Usage: nii = load_nii(filename, [img_idx], [dim5_idx], [dim6_idx], [dim7_idx], [old_RGB], [tolerance],
[preferredForm])

Funktion ohne Link?

So wie ich das aus dem Script verstehe, gibt er diesen Fehler aus, wenn die Variable filename nicht existiert. Habe ich da beim definieren was falsch gemacht?

Winkow

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Verfasst am: 20.09.2013, 17:46 Titel:

befinden sich denn die funktion und die ausgewählte datei im selben ordner ?
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Viertann

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Verfasst am: 20.09.2013, 18:01 Titel:

Die Datei tensor.nii befindet sich im Current Folder. Das Script habe ich allerdings aus einem anderen Ordner in Matlab geladen. Ich werde versuchen es noch einmal aus dem Current Folder zu laden. Danke für den Tipp.

Harald

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Verfasst am: 20.09.2013, 22:13 Titel:

Hallo,

ich würde uigetfile immer so verwenden:

Code:

[FileName,PathName] = uigetfile(...);
fullFileName = fullfile(PathName, FileName);

Funktion ohne Link?

So ist sichergestellt, dass es nicht zu Problemen kommt, weil die Datei nicht gefunden werden kann.

Grüße,
Harald

Viertann

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Verfasst am: 26.09.2013, 13:23 Titel:

Hey Leute,
Danke an alle die sich Gedanken gemacht haben. Ich habe beide Vorschläge versucht umzusetzen, aber es hat so bisher nicht funktioniert. Mag aber auch an meinem Unvermögen liegen. Letztendlich hat es aber auf einem anderen Weg funktioniert. Dieser ist hier beschrieben:

http://www.thevelveteenbrain.com/pr.....ad-nii-files-into-matlab/

Vielen Dank nochmal

Olivier


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