Fläche eines Massenspektrums berechnen

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paul2006

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Verfasst am: 07.01.2015, 11:22 Titel: Fläche eines Massenspektrums berechnen

Hallo zusammen,

ich habe ein Problem welches ich gern lösen würde, nur reichen meine bisherigen Fertigkeiten nicht aus und aus Büchern und der MatLab Hilfe werde ich auch nicht schlau! Daher bin ich für jede Hilfe dankbar!

Also, ich habe ein Massenspektrum als xls-Datei aufgenommen (s. Abbildung Massenspektrum) und möchte bei diesem die Fläche unter einzelnen Peaks berechnen. Die Peaks sind nicht immer gleich daher würde ich die Integrationsgrenzen gern beliebig anpassen können. Ich würde auch gern ein Variable festlegen mit der ich den Hintergrund abziehen kann, der also ein Höhe vorgibt.

Auszug aus den Messdaten:
Masse S1
0,07197 -0,05469
0,07154 -0,07422
0,07111 -0,07422
0,07069 -0,07422
0,07027 -0,07422
0,06985 -0,07422
0,06943 -0,03516
0,06901 -0,03516
0,06859 -0,03516
0,06817 -0,05469
0,06776 -0,03516
0,06734 -0,03516
0,06693 -0,03516
0,06652 -0,03516
0,06611 -0,03516

Ich habe schon verschiedene MatLab-Integrationsmethoden versucht (trapz, integrad, quad usw.), ich komme da einfach nicht weiter, da die Beispiele nur irgendwelche Funktionen behandeln.

Mein Ansatz bisher:
ich lese die xls-Datei mit xlsread ein und plotte sie, damit ich die Grenzen der Peaks heraussuchen kann und dann hört es schon auf, daher habe ich jetzt nicht meine ganzen versuche gepostet! Sad

Code:

>> num = xlsread('C:\Users\User\Dropbox\Uni\MatLab\Mappe.xls');
>> figure(1)
>> plot(num(:,1),num(:,2))

>> xlabel('m/z');
>> ylabel('Intensität');

>> a = 66.5; %Grenze links vom Peak
>> b = 67.5; %Grenze rechts vom Peak
>> h = XX; % Hintergrandabzug

Funktion ohne Link?

Wie würdet Ihr vorgehen?
Vielen Dank!

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Sebastian

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Verfasst am: 09.01.2015, 22:55 Titel:

Moin,

zwei Fragen:

1. Was meinst Du mit "Hintergrund abziehen"?

2. Was genau möchtest Du integrieren?

Grüße
_________________

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paul2006

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Verfasst am: 09.01.2015, 23:41 Titel:

Hallo Sebastian,

also mit Hintergrund meine ich einen Schwellenwert und integrieren möchte ich bestimmte Peaks bzw. die Fläche unter den Peaks meiner Messdaten.

Vielen Dank!

Sebastian

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Verfasst am: 10.01.2015, 11:30 Titel:

Moin!

Um ehrlich zu sein bin ich noch unsicher, was Du willst. Deine Matrix sieht so aus:

Code:

A=[
0.07197 -0.05469;
0.07154 -0.07422;
0.07111 -0.07422;
0.07069 -0.07422;
0.07027 -0.07422;
0.06985 -0.07422;
0.06943 -0.03516;
0.06901 -0.03516;
0.06859 -0.03516;
0.06817 -0.05469;
0.06776 -0.03516;
0.06734 -0.03516;
0.06693 -0.03516;
0.06652 -0.03516;
0.06611 -0.03516;
];

Funktion ohne Link?

Mit "Hintergrund" meinst Du z.B. den Wert -0.03516, um den die Werte streuen. Das bekommst Du weg mit:

Code:

A(:,2)=A(:,2)+0.03516 % einfach zu jedem Wert der zweiten Spalte 0.03516 addieren

Funktion ohne Link?

Dann streuen die Werte um Null und die kannst einfach integrieren, z.B. mit

Code:

Area = trapz(A(:,1), A(:,2))

Funktion ohne Link?

Grüße
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paul2006

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Verfasst am: 11.01.2015, 22:51 Titel:

Hallo Sebastian,

schon vielen herzlichen Dank für Deine Hilfen!

Ich versuche mich nochmal verständlicher auszudrücken, also mit Schwellenwert bzw. Hintergrund meine ich das Signalrauschen (s. Bild), das würde ich entweder gern herausschneiden oder mit der Funktion

Code:

msbackadj

Funktion ohne Link?

herausfiltern. Kennst Du Dich vielleicht auch mit dieser Funktion aus, ich schnalle es einfach nicht, wie ich diese auf meine Dtaen anwenden soll!

Noch eine Frage zu

Code:

trapz

Funktion ohne Link?

. Wie kann ich bei dieser Funktion Integrationsgrenzen angeben? So dass nur von zb. x = 5 bis x = 10 integriert wird!

Tausend Dank!

[img][/img]

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Sebastian

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Verfasst am: 12.01.2015, 20:46 Titel:

Hallo Paul,

1. Zur Funktion msbackadj:
Nie gehört Embarassed

2. Filtern
Zu erklären, wie Filter angewandt werden würde hier den Rahmen sprengen, aber dafür gibt es ja die (vergleichsweise sehr gute!!!) Dokumentation, siehe

Code:

doc filter

Funktion ohne Link?

,

um nur ein Beispiel zu nennen (Gleitender Mittelwertfilter; schau Dir den doch mal an!). Messsignale richtig zu filtern ist aber eine Wissenschaft für sich ...

All right, let's keep it simple! Sehen Deine Signale alle so "eindeutig" aus wie im von Dir geposteten Bild, d.h. kann man bereits mit bloßem Auge sofort erkennen, was Signal ist und was Rauschen? Dann setze alles was Rauschen ist doch auf einen festen Wert, z.B. so:

Code:

t = 1:10; % beliebiger Vektor; könnte hier z.B. die Zeit darstellen
u=[-1 1 -1 1 -1 1 -5 1 -1 1]; % Verrauschtes Signal

% Das sehen wir uns mal an ...
figure(1)
plot(t,u)
title('Plot mit Rauschen')

% ... und stellen fest, dass das ganz schön rauscht!
% Da wir keine Ahnung von Filtern haben, "bügeln" wir das einfach glatt,
% indem wir alles Werte, die offenbar kein Signal darstellen einfach zu
% Null setzen, und zwar so:

% "Index-Vektor" erstellen, der uns alle Positionen von u ausgibt, an denen gilt:
% -2<u<2
i=find(u>-2 & u<2);

% Die Werte dort setzen wir zu Null
u(i)=0;

% Nochmal ansehen ...
figure(2)
plot(t,u)
title('Plot ohne Rauschen')

% ... ja, viel besser Wink

Funktion ohne Link?

3. Integrationsgrenzen
Bleiben wir bei meinem Beispiel und Deiner Frage:

Zitat:

Wie kann ich bei dieser Funktion Integrationsgrenzen angeben? So dass nur von zb. x = 5 bis x = 10 integriert wird!

Code:

% Beispiel von oben: t geht von 1 bis 10, Du willst aber nur von 5 bis 10 %integrieren

t_neu=t(5:10);
u_neu=u(5:10);

Area = trapz(t_neu, u_neu)

Funktion ohne Link?

Grüße
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paul2006

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Verfasst am: 14.01.2015, 09:31 Titel:

Hallo Sebastian,

wieder herzlichen Dank für Deine Hilfe.
Mit der

Code:

find

Funktion ohne Link?

function und Deinem hast Du mir schon gut geholfen. Very Happy

Ja, da ist was Wahres dran. Filtern ist wirklich eine Kunst!

Grüße
Paul


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