große 4D Matrix erstellen

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bustapans

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Verfasst am: 15.07.2014, 07:15 Titel: große 4D Matrix erstellen

Hallo zusammen,
isch stehe vor dem Problem, eine große 4D matrix erstellen zu müssen, wobei allerdings der verwendete Speicher alle grenzen durchschlägt.

Aus einer Ascii-Datei habe ich vier Spalten eingelesen mit jeweils 70.000.000 Werten. Diese stellen x,y,z und Amplitude dar. Daraus soll nun eine 4D-Matrix entstehen.

mein derzeitiger Ansatz:

Code:

D = load('Datei.mat'); % <70000000 x 4>
[D1,D1a,D1c] = unique(D(:,1));
[D2,D2a,D2c] = unique(D(:,2));
[D3,D3a,D3c] = unique(D(:,3));

% X-Vektor erstellen
dX = D1(2)-D1(1);
X = (min(D1) + dX:dX:max(D1));
% Y-Vektor erstellen
dY = D2(2)-D2(1);
Y = (min(D2) + dY:dY:max(D2));
% Z-Vektor erstellen
dZ = D3(2)-D3(1);
Z = (min(D3) + dZ:dZ:max(D3));

% Vorbelegung der Matrix
Voxel = NaN(length(X),length(Y),length(Z));

% Problematischer Teil:

for ind = 1:length(D)
tmp = D(ind,:);
indexX = D1c(ind);
indexY = D2c(ind);
indexZ = D3c(ind);
Voxel(indexX,indexY,indexZ) = tmp(4);
end

Funktion ohne Link?

Vor dem "problematischen Teil" sind etwa 4Gb im Workspace, und der Arbeitsspeicher des PCs ist mit ca 5Gb belastet. Dieser Anteil geht während der for-Schleife allerdings durch die Decke und es werden nach den 12Gb Ram auch noch der swap in Anspruch genommen, was die Geschwindigkeit wiederum weiter verlangsamt.

Kann ich diese Belegung der Matrix in irgendeiner Weise effizienter machen, so dass es am besten etwas schneller geht und vor allem nicht so viel Arbeitsspeicher besetzt?

Jan S

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Verfasst am: 15.07.2014, 13:38 Titel: Re: große 4D Matrix erstellen

Hallo bustapans,

Du reservierst doch Speicherplatz für die Variable Voxel. Deshalb sollte sie dann eigentlich nicht weiter wachsen. Die zunehmende Speicher-Benutzung wirkt aber so, als wären die indexX,indexY,indexZ-Werte größer als die pre-allozierte Dimensionen.

Welche Werte kommen denn vor? Könntest Du INT32 statt dwer DOUBLEs verwenden?

Gruß, Jan

bustapans

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Verfasst am: 16.07.2014, 06:16 Titel:

Ich habe das Problem gefunden.
Ich habe bei meinem Code die Funktion

Code:

waitbar

Funktion ohne Link?

benutzt. Diese scheint irgendwie buggy zu sein. wenn ich auf diese Funktion verzichte und statt dessen z.B.

Code:

mod

Funktion ohne Link?

verwende um mir den aktuellen Stand anzuzeigen wird der vorbelegte Speicher nicht überschritten.


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