Idee um Code zu beschleunigen

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chill

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Verfasst am: 26.07.2012, 19:53 Titel: Idee um Code zu beschleunigen

Hallo Zusammen,

in meinem Programm nimmt diese Funktion während einer Simulation leider sehr viel Zeit in Anspruch. Die Funktion soll von einem übergebenen Vektor rollierend das Minimum finden. Nicht mehr und nicht weniger.

Laut profile wurde auch diese Funktion als klar zeitaufwendigste identifiziert. (80 %)

Code:

function periodeMin = FXMin(Vector, Periode)
% Initialisierung
periodeMin = zeros(length(Vector),1);

% Periode ausschneiden und Min bestimmen
for i = Periode:length(Vector)
periodeMin(i) = min(Vector(i-Periode+1:i));
end
end

Funktion ohne Link?

Hauptsächlich "schuld" für den Zeitaufwand ist wohl die min Funktion... Alternativ sort und dann den ersten Eintrag wählen führt dazu, dass das Programm noch langsamer wird Sad

Hab Ihr eine gute Idee um die Berechnung zu beschleunigen?
Ich wäre euch sehr dankbar...

ciao chill

Harald

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Verfasst am: 26.07.2012, 22:08 Titel:

Hallo,

um hier helfen zu können, müsste man wissen, wieviele Elemente der Vektor typischerweise hat und über wieviele Elemente typischerweise gemittelt wird.

Grüße,
Harald

chill

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Verfasst am: 27.07.2012, 10:07 Titel:

Hi,

der Vektor ist in der Simulation 600x1 gross, rollierend wird das Minimum über 100 Einträge bestimmt.

1. Rechnung: Minimum der Werte des Vektors 1:100
.
. ... 400x
.
Letzte Rechnung: Minimum der Werte des Vektors 401:600

Bereits eine Idee wie ich die Min-beschleunigen könnte?
VG Chill

Harald

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Verfasst am: 27.07.2012, 10:57 Titel:

Hallo,

auf meinem Rechner braucht diese Funktion nur ca. 0,0014s. Wird diese Funktion wiederum sehr oft aufgerufen, oder warum ist das für dich relevant?

Ich habe mich mal noch daran gespielt und bekomme das noch etwas runter:

Code:

function periodeMin = FXMin2(Vector, Periode)
% Initialisierung
periodeMin = zeros(length(Vector),1);

% Periode ausschneiden und Min bestimmen
periodeMin(Periode) = min(Vector(1:Periode));
for i = Periode+1:length(Vector)
if periodeMin(i-1) ~= Vector(i-Periode)
periodeMin(i) = min(Vector(i), periodeMin(i-1));
else
periodeMin(i) = min(Vector(i-Periode+1:i));
end
end
end

Funktion ohne Link?

Dann bin ich bei 0,0006s.

Ansonsten auch mal bei File Exchange schauen:
http://www.mathworks.com/matlabcent.....hange/24705-minmax-filter

Grüße,
Harald

chill

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Verfasst am: 28.07.2012, 16:29 Titel:

HI Harald,

vielen Dank, das beschleunigt meinen Code schon mal um mehr als 40%...
Super! Smile

Genau wie Du vermutest benutze ich die Funktion sehr oft, also normalerweise dauert eine Simulation für einen Beobachtungsraum ca. 2,5 Std. in der hauptsächliche die Minfunktion aufgerufen wird.

Da ich gerne über 100 Beobachtungsräume simulieren möchte....
2,5*100/24 bin ich bei über 10 Tagen... wenn alles "Glatt läuft" wäre ich jetzt "nur" noch bei 6 Tagen.

ciao
Chill

Harald

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Verfasst am: 28.07.2012, 17:04 Titel:

Hallo,

an der Stelle wäre dann auch Parallelisierung eine Überlegung wert.
Die einfachste Möglichkeit dazu wäre, die 100 Beobachtungsräume in einer for-Schleife zu simulieren und diese dann in eine parfor-Schleife umzuwandeln.

Ich würde in jedem Fall auch die Funktion aus File Exchange ausprobieren.

Grüße,
Harald

chill

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Verfasst am: 28.07.2012, 21:23 Titel:

Hi,

also ich hab schon einiges mit Matlab angestellt, aber mit mex hatte ich bisher noch nie was zu tun, leider bekomme ich das tool minmaxfilter nicht zum laufen

Code:

>> minmaxfilt1([1 2 3 4]',1)
Attempt to execute SCRIPT lemire_nd_minengine as a function:
C:\Program Files\MATLAB\R2012a\toolbox\MinMaxFilterFolder\lemire_nd_minengine.m

Error in minmaxfilt1 (line 90)
[minval minidx] = lemire_nd_minengine(A, minidx, window, shapeloc);

Funktion ohne Link?

skuriel, obwohl die Installation eigentlich funktionierte...
Help

Code:

>> mex -setup

Welcome to mex -setup. This utility will help you set up
a default compiler. For a list of supported compilers, see
http://www.mathworks.com/support/compilers/R2012a/win64.html

Please choose your compiler for building MEX-files:

Would you like mex to locate installed compilers [y]/n? y

Select a compiler:
[1] Microsoft Software Development Kit (SDK) 7.1 in C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 10.0

[0] None

Compiler: 1

Please verify your choices:

Compiler: Microsoft Software Development Kit (SDK) 7.1
Location: C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 10.0

Are these correct [y]/n? y

***************************************************************************
Warning: MEX-files generated using Microsoft Windows Software Development
Kit (SDK) require that Microsoft Visual Studio 2010 run-time
libraries be available on the computer they are run on.
If you plan to redistribute your MEX-files to other MATLAB
users, be sure that they have the run-time libraries.
***************************************************************************

Trying to update options file: C:\Users\CHiLL\AppData\Roaming\MathWorks\MATLAB\R2012a\mexopts.bat
From template: C:\PROGRA~1\MATLAB\R2012a\bin\win64\mexopts\mssdk71opts.bat

Done . . .

**************************************************************************
Warning: The MATLAB C and Fortran API has changed to support MATLAB
variables with more than 2^32-1 elements. In the near future
you will be required to update your code to utilize the new
API. You can find more information about this at:
http://www.mathworks.com/help/techdoc/matlab_external/bsflnue-1.html
Building with the -largeArrayDims option enables the new API.
**************************************************************************

Funktion ohne Link?

Harald

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Verfasst am: 28.07.2012, 22:31 Titel:

Hallo,

ich kenne das Programm nicht. Im Zweifel würde ich also beim Autor des Programms nachfragen.

Beim Öffnen der .m-Datei sollte jedoch klar werden, wo das Problem liegt: das ist nur eine Hilfsdatei, die die Doku enthält. Man sollte die entsprechenden .c-Dateien mit mex kompilieren. Dann hat die mex-Datei Vorrang gegenüber der .m-Datei.

Grüße,
Harald

chill

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Verfasst am: 29.07.2012, 09:03 Titel:

Heute morgen läuft es, obwohl ich keinen Neustart oder sonstiges gemacht habe.

gut wenn man mal drüber "schläft" Wink

später mal einbauen und dann schauen ob es schneller ist

ciao
Chill

chill

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Verfasst am: 29.07.2012, 16:46 Titel:

ok, irgendwas hab ich an Matlab <-> Mex nicht ganz verstanden,
nach der Installation der Mex-Dateien, funktioniert es, soweit ich in dem Ordner bin wo alle Dateien (aus dem auch installiert wurde) liegen.

Da ich diesen Ordner bei Matlab mit "set path" hinzugenommen habe, sollte dies doch dann von "überall" ausführbar sein!?!?

Ich bekomme, sofern ich in einem anderen Ordner die Funktion aufrufe, dann aber folgende Fehlermeldung:

Code:

Attempt to execute SCRIPT lemire_nd_minengine as a function:
C:\Program Files\MATLAB\R2012a\toolbox\minmaxfilterfolder\lemire_nd_minengine.m

Error in minmaxfilt1 (line 90)
[minval minidx] = lemire_nd_minengine(A, minidx, window, shapeloc);

Funktion ohne Link?

mir ist nicht klar, was Matlab mir hier mitteilen möchte

Harald

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Verfasst am: 29.07.2012, 18:01 Titel:

Hallo,

das Problem hatte ich an sich schon beschrieben. Die mex-Datei wurde entweder nicht erzeugt oder wird durch etwas anderes überlagert.

Kann es sein, dass das Verzeichnis, in dem du das installiert hast, ein anderes als C:\Program Files\MATLAB\R2012a\toolbox\minmaxfilterfolder ist, beide Verzeichnisse auf dem Suchpfad liegen, das letztgenannte Verzeichnis im Suchpfad vor dem anderen liegt?
Falls ja: C:\Program Files\MATLAB\R2012a\toolbox\minmaxfilterfolder vom Suchpfad nehmen oder nach unten verschieben.

Grüße,
Harald

chill

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Verfasst am: 29.07.2012, 20:02 Titel:

Die Lösung ist etwas "komisch"

indem ich den eingetragenen Ordner bei "set path" nach ganz unten gesetzt habe... läuft es nun Smile

ciao
Chill

Harald

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Verfasst am: 29.07.2012, 21:45 Titel:

Hallo,

als "komisch" würde ich die Lösung nicht bezeichnen.
Das Problem war schlicht und einfach, dass die falsche lemire_nd_minengine.* die höchste Priorität hatte. Und dieses Problem hast du durch das Verschieben im Suchpfad gelöst.

Grüße,
Harald


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