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mex relative Pfade
 

2pol

Gast

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     Beitrag Verfasst am: 08.08.2011, 15:32     Titel: mex relative Pfade
  Antworten mit Zitat      
Hallo,
ich möchte mit mex ein Programm kompilieren.
Dieses soll auf eine externe Library zugreifen.
mein Programm sieht so aus:
Code:

#include "math.h"
#include "OpenMS/TRANSFORMATIONS/RAW2PEAK/PeakPickerCWT.h"
#include "mex.h"   //--This one is required

void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[], int nrhs, const mxArray *prhs[])
{
    return;
}
 

Ja das Programm macht erstmal nichts. Mir geht es aber auch darum den PeakPickerCWT.h einzubinden.
Ich kompilierere in dem Vaterordner vom OpenMS.
Also er findet die PeakPickerCWT.h.
ABER er findet die restlichen header-Dateien, die in dieser header-Datei aufgelistet sind, nicht.
Ich kompiliere mit folgenden Befehl:
Code:

mex mexTest.C
 

Als Fehler kommt dann:
Code:

>> mex mexTest.C
In file included from mexTest.C:3:
OpenMS/TRANSFORMATIONS/RAW2PEAK/PeakPickerCWT.h:31:40: error: OpenMS/KERNEL/MSExperiment.h: No such file or directory
OpenMS/TRANSFORMATIONS/RAW2PEAK/PeakPickerCWT.h:32:55: error: OpenMS/TRANSFORMATIONS/RAW2PEAK/PeakShape.h: No such file or directory
OpenMS/TRANSFORMATIONS/RAW2PEAK/PeakPickerCWT.h:33:55: error: OpenMS/DATASTRUCTURES/DefaultParamHandler.h: No such file or directory
OpenMS/TRANSFORMATIONS/RAW2PEAK/PeakPickerCWT.h:34:43: error: OpenMS/CONCEPT/ProgressLogger.h: No such file or directory
OpenMS/TRANSFORMATIONS/RAW2PEAK/PeakPickerCWT.h:35:71: error: OpenMS/TRANSFORMATIONS/RAW2PEAK/OptimizePeakDeconvolution.h: No such file or directory
OpenMS/TRANSFORMATIONS/RAW2PEAK/PeakPickerCWT.h:36:72: error: OpenMS/TRANSFORMATIONS/RAW2PEAK/ContinuousWaveletTransform.h: No such file or directory
OpenMS/TRANSFORMATIONS/RAW2PEAK/PeakPickerCWT.h:37:86: error: OpenMS/TRANSFORMATIONS/RAW2PEAK/ContinuousWaveletTransformNumIntegration.h: No such file or directory
OpenMS/TRANSFORMATIONS/RAW2PEAK/PeakPickerCWT.h:70: error: invalid function declaration

    mex: compile of ' "mexTest.C"' failed.

??? Error using ==> mex at 208
Unable to complete successfully.
 

Wie kann ich die Pfade so setzen das er die header findet? Wie kann ich dem Kompilierer mitgeben das er immer vom VaterOrdner von OpenMS ausgehend suchen soll? Mit absoluten Pfaden kann ich nicht arbeiten dann müsste ich die ganze Bibliothek verändern.
Grüsse
2pol


denny
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Beiträge: 3.853
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Version: R2012b
     Beitrag Verfasst am: 08.08.2011, 18:30     Titel:
  Antworten mit Zitat      
Hallo

das muss du beim Übersetzen dem Compiler sagen:

Code:

#include "math.h"
#include "PeakPickerCWT.h"
#include "mex.h"   //--This one is required

void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[], int nrhs, const mxArray *prhs[])
{
    return;
}
 



Code:

% -v means verbose(print all compiler and linken settings)
% -g build an executable with debugging symbols included
% -I<pathname> the compiler include search path
mex -v -g -I. ...
        -I./OpenMS/TRANSFORMATIONS/RAW2PEAK/ ...    
   mexTest.C ...
        OpenMS/TRANSFORMATIONS/RAW2PEAK/PeakPickerCWT.c

 
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2pol

Gast

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     Beitrag Verfasst am: 09.08.2011, 17:38     Titel:
  Antworten mit Zitat      
Hallo,
ja das mit dem -I funktioniert.
Mein Fehler war das ich immer ein Leerzeichen zwischen dem -I und dem Pfad gelassen hatte.

Grüsse
 
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