Nullzeilen in Matrix eintragen

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Ralf1007

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Verfasst am: 28.07.2010, 12:28 Titel: Nullzeilen in Matrix eintragen

Hallo liebe Matlab-Pros,

eigentlich ist mein Problem so gewaltig nicht. Ich möchte in eine gegebene Matrix Nullzeilen eintragen. Wenn in dem Vektor idx die Nummern der Zeilen stehen, die ersetzt werden sollen, trage ich durch

Code:

A(idx,:) = 0;

Funktion ohne Link?

die Nullzeilen in A ein. Nun dauert das bei mir leider furchtbar lange. Meine Matrix A hat in etwa die Dimension 200000x100000 und idx hat etwa die Länge 4000. Die Codezeile oben nimmt dann so 20 Sekunden in Anspruch.

Ich kann mir nicht vorstellen, dass das tatsächlich soviel Zeit verschlingen muss. Gibt es denn eine schnellere Variante Nullzeilen in eine Matrix einzutragen?

Vielen Dank für Hinweise!

Ralf

yankemen

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Verfasst am: 28.07.2010, 13:45 Titel:

Moin Ralf1007,

die von Dir genannte Code-Zeile ist die schnellste Methode, da sie direkt indexiert.
Ich staune eher, dass Du eine Matrix dieser Dimension verarbeiten kannst. Denn eine 8000*8000-Matrix ergibt bereits ca. 500MB Arbeitsspeicher ...
Die genaue Größe gibts mit >>whos

Ciao,
yankemen
_________________

Code:

% Kommentare brauchen ein Leerzeichen nach dem %

Funktion ohne Link?

Gibt es ein Ist und ein Wunsch-Soll? Gibt es Beispiele zum Durchprobieren? Wenn selbstgeschriebene Funktionen aufgerufen werden: können sie bitte angehangen werden? Gab es Fehlermeldungen?
Stimmen die Werte, wenn der Debugger mit Haltepunkten etc. eingesetzt wird?
Danke Smile

Zuletzt bearbeitet von yankemen am 28.07.2010, 14:24, insgesamt einmal bearbeitet

Andreas Goser

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Verfasst am: 28.07.2010, 13:55 Titel:

Ich denke auch, dass das Problem eher im Gesamtzusammenhang liegt. Ist das wirklich nötig alles so gross zu machen? Müssen es DOUBLEs sein? Ist vielleicht schon die Operation die den Indexvektor erstellt anders zu machen?

Andreas

Ralf1007

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Verfasst am: 28.07.2010, 15:13 Titel:

Hallo,

danke für die Antworten. Was ich noch hätte dazu sagen sollen, ist, dass die Matrix A eine sparse-Matrix ist, sodass ihr Speicherbedarf bei 8 MB liegt. Sie besitzt auch nur die Einträge -1,0 oder 1.

Was meinst du damit, Andreas, den Indexvektor anders zu erstellen? Die Matrix A muss ich von vornherein erstmal ohne Nullzeilen aufbauen und im Anschluss muss ich in den passenden Zeilen Nullen reinschreiben. Der Indexvektor muss also auf jeden Fall diese Zeilen auswählen können.

An der Größe der Matrix lässt sich nichts drehen aber da sie sowieso eine sparse-Matrix ist, ist das vermutlich auch nicht so dramatisch.

Ich danke euch für eure Hilfe.

Ralf

Jan S

Moderator


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Verfasst am: 28.07.2010, 18:52 Titel:

Hallo Ralf,

es wäre hilfreich gewesen, gleich zu schreiben, dass Du eine Sparse-Matrix verwendest. Ich fand ein 160GB-Array zwar ungewöhnlich, aber damit schienst Du keine Probleme zu haben.

Möglicherweise hilft es, wenn Du beim Erstellen der Matrix den Parameter NZMAX größer wählst. Ausserdem könnte es weniger als 20 Sekunden dauern, wenn Du statt eine Zeile auf 0 zu setzen, eine neue Sparsematrix erstellst und alle anderen Zeilen hinein kopierst.

Gruß, Jan

Ralf1007

Themenstarter

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Verfasst am: 02.08.2010, 13:34 Titel:

Hallo,

so wie Jan es vorgeschlagen hat, habe ich es jetzt gemacht. Das heißt, statt durch

Code:

A(idx,:) = 0;

Funktion ohne Link?

in meiner sparse-Matrix A Nullen einzutragen, "kopiere" ich durch

Code:

[i,j,s] = find(A);
index = ~ismember(i,idx);
i = i(index);
j = j(index);
s = s(index);
A = sparse(i,j,s,size(A,1),size(A,2));

Funktion ohne Link?

alle gewünschten alten Einträge in die neue Matrix und an den restlichen Positionen werden ja automatisch Nullen eingetragen, ganz so, wie ich es wollte.

Das geht viel viel schneller, als ich es vorher gemacht habe. Ohne eure Hilfe wäre ich da vermutlich nicht drauf gekommen, daher bedanke ich mich herzlich dafür!

Viele Grüße,

Ralf


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