Ich versuche gerade bei folgendem Code die Performance zu verbessern; daher habe ich versucht, der Aufforderung von Matlab "preallocate arrays" nachzukommen! Ich schätze, diese Aufforderung habe ich falsch umgesetzt, jedoch kann ich den Fehler nicht finden
Code:
mainfolder=uigetdir;
path = fullfile(mainfolder,'seq2mat');
mkdir(path);
tic
allFolder = strsplit(genpath(mainfolder), pathsep);
allFolder = allFolder(1:end-1);
Tif_Folder = cell(length(allFolder)); %attempt to preallocate
for k = 1:length(allFolder)
ordner = allFolder{k};
ifany(size(dir([ordner '/*.tif' ]),1))==0 %check whether folder contains tif-files
continue else
Tif_Folder{k}=[ordner]; %PREALLOCATE
end end
Tif_Folder=Tif_Folder';
Tif_Folder=Tif_Folder(~cellfun('isempty',Tif_Folder));
for l=1:length(Tif_Folder)
files=dir(fullfile(Tif_Folder{l},'*.tif'));
First_filname=fullfile(Tif_Folder{l},files(1).name);
I_1st = imread(First_filname);
x_dim=size(I_1st,1);
y_dim=size(I_1st,2);
t_dim=length(files);
IMG= zeros(x_dim,y_dim,t_dim); %attempt to preallocate
Vielleicht ginge das ganze auch viel einfacher. Seit R2016b arbeitet
dir
rekursiv. Z.B. gibt folgendes eine Liste aller .tif-Dateien im momentanen Verzeichnis oder einem Unterverzeichnis:
Code:
list = dir('C:\work\**\*.tif') fullfile({list.folder}', {list.name}')
% "path" ist ein wichtiger Matlab-Befehl. Ihn mit einer lokalen Variable zu überschreiben, % kann zu unerwartetem Verhalten führen. Besser "PathName". path = fullfile(mainfolder,'seq2mat');
% genpath hat einige Einschränkungen: Ordner, deren Namen mit "+" oder "@" beginnen, % \private heißen etc. werden ignoriert. Das mag selten vorkommen, aber falls es % doch mal geschieht, wird der Benutzer lange grübeln, woran es hängt. Im % FileExchange gibt es viele Methoden zur rekursiven Suche und siehe % Haralds Kommentar zu >= R2016b und "**"
allFolder = strsplit(genpath(mainfolder), pathsep);
% cell(n) erzeugt eine {n x n} cell matrix.
Tif_Folder = cell(length(allFolder)); %attempt to preallocate
% Besser:
Tif_Folder = cell(length(allFolder), 1);
ifany(size(dir([ordner '/*.tif' ]),1))==0 %check whether folder contains tif-files
% Besser: if ~isempty(dir(fullfile(ordner, '\*.tif')))
Tif_Folder{k}= ordner;
% Ohne eckige Klammern. Und dies ist KEIN "PREALLOCATE" end end
Tif_Folder=Tif_Folder'; % Unnötig, wenn man gleich cell(length(allFolder), 1) hat
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