Problemstellung ImportData mit textread/textscan

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eupho

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Verfasst am: 10.08.2010, 09:23 Titel: Problemstellung ImportData mit textread/textscan

Hallo,

ich versuche seit Stunden ein .txt-File mit Daten auszulesen und in eine entsprechende Matrix zu importieren. Die textscan Funktion müsste dies leisten, allerdings finde ich den Umgang extrem umständlich und bitte daher hier um Hilfe.

Mein .txt-File sieht so aus:

Code:

Patient Name : Patient^First
Patient ID : 1
Date : 03.07.1985 12:00:00
Type : Cumulative Dose Volume Histogram
Item : P1-EFFECTIVE

VOI : Skin
Volume [ccm]: 89193.944
Dose minimum [GyE]: 0.000
Dose maximum [GyE]: 112.698
Dose mean [GyE]: 0.459
Dose median [GyE]: 0.000
Standard dev [GyE]: 5.479

Dose[GyE] Volume[%] Dose[GyE] Volume[ccm]
112.70 0.03 112.70 22.30
98.49 0.08 98.49 66.90
89.60 0.13 89.60 111.49
75.43 0.18 75.43 156.09
66.77 0.23 66.77 200.69
......
......
......
0.00 99.83 0.00 89037.85
0.00 99.88 0.00 89082.45
0.00 99.93 0.00 89127.05
0.00 99.98 0.00 89171.64
0.00 100.00 0.00 89193.94

VOI : Target2
Volume [ccm]: 24.603
Dose minimum [GyE]: 8.143
Dose maximum [GyE]: 112.698
Dose mean [GyE]: 81.452
Dose median [GyE]: 97.919
Standard dev [GyE]: 28.905

Dose[GyE] Volume[%] Dose[GyE] Volume[ccm]
112.70 0.03 112.70 0.01
109.96 0.08 109.96 0.02
109.45 0.13 109.45 0.03

Funktion ohne Link?

Die ersten 7 Zeilen werden nicht benötigt, danach würde ich gerne die Daten der 4 Spalten für jede VOI in eine eigene Matrix mit dem Namen der Struktur schreiben, im Beispiel: "Skin" und "Target2".

Vielen Dank für die Hilfe && || Tipps

Daniel

Frank

Gast


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Verfasst am: 10.08.2010, 09:42 Titel:

Servus,

wenn die textdatei nicht zu gross ist, kannst du sie ruhig hochladen,
man kann dann einfacher experementieren.

viele grüsse

eupho

Themenstarter

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Verfasst am: 10.08.2010, 09:45 Titel:

Oh, das ging aber flott..
Vielen Dank für die schnelle Rückmeldung, Datei im Anhang (cave: das ist die Orginaldatei, die hat noch Kommas drin (nicht wie im Thread gepastet)).

Gruß,
Daniel

data.txt

Beschreibung:

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Dateiname:

data.txt

Dateigröße:

1.22 MB

Heruntergeladen:

525 mal

Fourier

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Verfasst am: 10.08.2010, 12:17 Titel:

Hallo Daniel,

in deiner textdatei sind zahlen die folgendermassen aussehen:

Code:

6.92 1.13 6.92 1,003.43
5.82 1.18 5.82 1,048.03
5.06 1.23 5.06 1,092.63
2.92 1.28 2.92 1,137.22

Funktion ohne Link?

was bedeutet das in der 4.spalte (komma,punkt) sind das jetzt 5 spalten?

gruss
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Ein schlechter General ist besser als zwei gute.

Fourier

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Verfasst am: 10.08.2010, 12:36 Titel:

egal
ich hab die kommas entfernt.

option 1: deine matrizen speicherst du als CELL, da die anzahl der spalten unterschiedlich ist.
deine matrizen sind dann : M{1}, M{2}.....

du wolltest ähnliche matrizenname wie namen der strukturen, da musste man EVAL benutzen (gefährlich), deswegen habe ich stattdessen stucturen genommen,
dann wären deine matrizen : M.Skin, M.Target....
das problem es gibt unvalide namen wie target2.3
deswegen die funktion strrep um zb target2.3 zu target2_3 umzuwandeln.

Code:

file='C:\-----------------------------------\d1.txt';
fid=fopen(file,'r');
k=1;
zz=0;
zeile=[];
while(1)

Line=fgetl(fid);
zz=zz+1;
if findstr(Line,'VOI')>=0
str{k}=sscanf(Line,'%*s : %s'); % namen der VOIS merken
zeile=[zeile;zz]; % zeilen merken
k=k+1;
end

if ~ischar(Line), break, end
end

len= length(zeile);

for ii=1:1:len-1
M.(strrep(sprintf('%s',str{ii}),'.','_'))=dlmread(file,'',[zeile(ii)+8 0 zeile(ii+1)-3 3]);
end

M.(strrep(sprintf('%s',str{len}),'.','_'))=dlmread(file,'',zeile(len)+8,0);

% for ii=1:1:len-1
% M{ii}=dlmread(file,'',[zeile(ii)+8 0 zeile(ii+1)-3 3]);
% end
%
% M{len}=dlmread(file,'',zeile(len)+8,0);

Funktion ohne Link?

hier hast du beide möglichkeiten CELLs oder STUCTS.

von EVAL würde ich die Finger weglassen.

gruss
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eupho

Themenstarter

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Verfasst am: 10.08.2010, 13:06 Titel:

Hui,
vielen Dank für die Hilfe, funktioniert einwandfrei!

Ich muss mir allerdings den Code mal noch genauer anschauen, vorneweg aber noch eine Frage:

Die Kommas sind englische 1000er-Trennzeichen, der Code funktioniert (wie du ja angemerkt hast) nur, wenn die Kommas vorher manuell entfernt wurden. Wie kann ich denn die Kommas mit MATLAB entfernen?

Gruß,
Daniel

edit: PS: nochmal vielen Dank! Smile

Fourier

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Verfasst am: 10.08.2010, 13:59 Titel:

Hi,

ich könnte diesen Code vorne plazieren.

Code:

file_orig='---------------------------------------\deine_original_datei.txt';
file='---------------------------------------------\data_ohne_komma.txt';

fidi=fopen(file1,'r');
fido=fopen(file,'w+t');
while feof(fidi) == 0
line = fgetl(fidi);
line = strrep(line, ',', '');
fprintf(fido, '%s\n', line);
end
fclose(fidi);
fclose(fido);

fid=fopen(file,'r');
k=1;
zz=0;
.
.
.

Funktion ohne Link?

ich weiss nicht ob es einfacher geht, oder obs doch einfacher ist die kommas manuel zu entfernen ;)

gruss

PS: irgendwo unten im ersten Code fehlt noch ein fclose(fid)
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eupho

Themenstarter

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Verfasst am: 10.08.2010, 15:03 Titel:

Funktioniert prima (nur file1 muss noch durch file_orig ersetzt werden oder andersrum).

Vielen Dank nochmal! Wie ist deine Spendenhotline? Smile

_Fourier

Gast


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Verfasst am: 10.08.2010, 15:21 Titel:

Zitat:

Wie ist deine Spendenhotline?

Code:

sprintf('überweise mir %d euro',randi(1000,1))

Funktion ohne Link?

und nicht schummeln Wink


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