Verfasst am: 18.11.2014, 17:42
Titel: Sequentielle Manipulation von XYZ-Koordinaten
Hallo Liebe Matlab-Community,
ich habe folgendes Problem: Im Zuge eines biologischen Experiments bekomme ich zusammenhängende XYZ-Koordinaten eines Objekts über einen gewissen Zeitraum (Trajektorien). Ein Experiment liefert mir mehrere Objekte, die alle eine ID haben. Zugehörig zu einer ID habe ich also zu jedem Zeitpunkt eine XYZ-Koordinate. Nicht alle Objekte sind über den ganzen Zeitraum sichtbar und es erscheinen auch nicht alle Objekte zum selben Zeitpunkt. Ich habe ein Bild, wie das ganze aussieht, angehängt.
Ich möchte nun den im Bild roten Vektor drehen, so dass er parallel zur x-Achse verläuft.
Danach sollen alle grünen Trajektorien um den selben Winkel gedreht werden.
Anschließend sollen noch die grünen Trajektorien so verschoben werden, dass sie ihren Ursprung im Koordinatenursprung haben.
Leider bin ich noch absoluter Neuling in Matlab und weiß nicht, wie ich anfangen soll. Matlab bietet sich deshalb an, weil das Trackingprogramm eine Schnittstelle zu Matlab hat.
Es ist mir klar, dass es etwas unverschämt ist, hier einfach so nach einer Lösung für mein Problem zu fragen. Aber vielleicht kann mich hier ja jemand zumindest in die richtige Richtung schubsen, ich weiß nämlich absolut nicht wie ich anfangen soll.
Um die grünen Trajektorien im Ursprung starten zu lassen, kannst du von allen x,y,z-Koordinaten jeweils den ersten Eintrag der Vektoren subtrahieren. Dann beginnt die Trajektorie automatisch in (0,0,0) und alle anderen Einträge sind ebenfalls entsprechend verschoben.
Viele Grüße,
Nras.
MHaberl
Gast
Beiträge: ---
Anmeldedatum: ---
Wohnort: ---
Version: ---
Verfasst am: 19.11.2014, 11:35
Titel:
Ok, vielen Dank! Ich versuche das mal zu implementieren und werde dann meine Ergebniss hier berichten.
MHaberl
Gast
Beiträge: ---
Anmeldedatum: ---
Wohnort: ---
Version: ---
Verfasst am: 24.11.2014, 18:54
Titel:
So, ich habe versucht den Vorschlag von Nras umzusetzen. Ich schaffe es die Tracks in den Koordinatenursprung zu verschieben. Dazu hab ich folgenden Code verwendet:
Code:
%Als erstes verbinde ich MATLAB mit meinem Tracking-Programm Imaris und
%sammle die XYZ Positionen meiner Tracks sowie die IDs der Tracks ein.
funktioniert es ganz gut. Allerdings hätte ich gerne die Koordinatenachsen im Zentrum des Plots. Das habe ich versucht und mir die Funktion PlotAxisAtOrigin von mathworks.com runtergeladen. Allerdings schreibt mir das Script für jede for-Schleife ein neues KO in den Plot. Jemand eine Idee wie das abzustellen ist?
Wenn ich alle Tracks in den Ursprung verschoben habe, könnte ich dann eigentlich über die Steigung des roten Vektors mein Theta für die Rotation ausrechnen und dieses für die Drehung der anderen Tracks mittels einer Rotationsmatrix verwenden? Könnte ich das Drehen in meine For-Schleife einbauen?
Tut mir leid für die Threadnekromantie. Ich habe mein Programm nochmals verändert und im Prinzip funktioniert es schonmal. Der Code sieht wie folgt aus:
%einlesen der xyz-Koordinaten und des Vektors der zur Bestimmung des
%Drehwinkel dient
[x,y,z,t,id] = importPosition('./Position.csv', 5, 1176);
[vecx,vecy,vecz] = importBloodvec('./blood vector_Position.csv',5,6);
%schleife über alle tracks
for i=1:size(uniques,1)
%erstellen eines filters für track i
k = 1;
for j=1:size(id,1) if( id(j) == uniques(i))
map(k) = j;
k = k + 1;
end end
%umspeichern der gefilterten Werte
coord(1,:) = x(map(:));
coord(2,:) = y(map(:));
T = t(map(:));
%verschiebung in der ursprung
for j=1:size(coord,2)
coord(1,j) = coord(1,j) - x(map(1));
coord(2,j) = coord(2,j) - y(map(1));
end
%drehen der Werte in richtung des blutgefäßes
coord = drehmatrix * coord;
%berechnung der winkeländerungen je zeitschritt
for j=1:size(coord,2)-1 if((coord(1,j+1)-coord(1,j)) > 0.0)
alphas(j) = 180/pi * atan((coord(2,j+1)-coord(2,j)/(coord(1,j+1)-coord(1,j))));
else
alphas(j) = 180/pi * -atan((coord(2,j+1)-coord(2,j)/(coord(1,j+1)-coord(1,j))));
end end
%binning der winkelwerte
for j=1:size(alphas,2) if(alphas(j) < 10 && alphas(j) >= 0)
torte(1) = torte(1) + 1;
end if(alphas(j) < 20 && alphas(j) >= 10)
torte(2) = torte(2) + 1;
end if(alphas(j) < 30 && alphas(j) >= 20)
torte(3) = torte(3) + 1;
end if(alphas(j) < 40 && alphas(j) >= 30)
torte(4) = torte(4) + 1;
end
%50° aufwärst fehlt noch
end
%plotten des tracks
plot(coord(1,:),coord(2,:));
holdall
%löschen der temp. daten clear coord
clear map
clear T
clear alphas
end
%erzeugen des tortendiagramms
%saveas(figure1,'./tracks.jpeg');
figure2 = figure;
pie3(torte);
lala = 0;
Jetzt habe ich noch zwei Fragen. Die eine bleibt weiterhin wie ich die Axen im Plot zentrieren kann; die andere ist, ob es möglich ist die Trajektorien so zu plotten, dass sie an ihrem Endpunkt mit einem gefüllten Kreis markiert sind. Ist sowas möglich?
die andere ist, ob es möglich ist die Trajektorien so zu plotten, dass sie an ihrem Endpunkt mit einem gefüllten Kreis markiert sind.
im Zweifelsfall den Endpunkt nochmal plotten, mit '.' als Marker.
Grüße,
Harald
Einstellungen und Berechtigungen
Du kannst Beiträge in dieses Forum schreiben. Du kannst auf Beiträge in diesem Forum antworten. Du kannst deine Beiträge in diesem Forum nicht bearbeiten. Du kannst deine Beiträge in diesem Forum nicht löschen. Du kannst an Umfragen in diesem Forum nicht mitmachen. Du kannst Dateien in diesem Forum posten Du kannst Dateien in diesem Forum herunterladen
MATLAB, Simulink, Stateflow, Handle Graphics, Real-Time Workshop, SimBiology, SimHydraulics, SimEvents, and xPC TargetBox are registered trademarks and The MathWorks, the L-shaped membrane logo, and Embedded MATLAB are trademarks of The MathWorks, Inc.
RSS