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Shell-Skript
 

2pol

Gast

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     Beitrag Verfasst am: 13.08.2011, 18:02     Titel: Shell-Skript
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Hallo,
ich habe folgendes Shell-Skript:
Code:

cd /Applications/OpenMS-1.8.0
./TOPP-shell & #das oeffnet die OpenMS/TOPP command shell und macht den #Befehl PeakPicker verfuegbar  
PeakPicker -ini $1 -in $2 -out $3 -type wavelet
 

Wenn ich genau dieses Skript auf der Kommandozeile starte, funktioniert es einwandfrei.
Wenn ich es aber in MATLAB starte zum Beispiel so:
Code:

system('/Applications/OpenMS-1.8.0/peakPicker.sh ~/Documents/MATLAB/PeakPicker.ini ~/Documents/MATLAB/peakMe.mzML ~/Documents/MATLAB/returnPeakMe.mzML');
 

kommt nur
Code:

/Applications/OpenMS-1.8.0/peakPicker.sh: line 3: PeakPicker: command not found


   ------------------------------------------------
       Welcome to the OpenMS/TOPP command shell    
   ------------------------------------------------

 

Er findet als PeakPicker nicht Sad.
Was könnte ich da machen?

Grüsse
2pol


Titus
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     Beitrag Verfasst am: 14.08.2011, 19:13     Titel:
  Antworten mit Zitat      
Hallo,

klingt, als ob PeakPicker in dem Verzeichnis liegt? Hast Du in MATLAB probiert, mit cd('/Applications/OpenMS-1.8.0') in das Verzeichnis zu wechseln und dann mit system den Aufruf zu starten?

Titus
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2pol

Gast

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     Beitrag Verfasst am: 16.08.2011, 13:39     Titel:
  Antworten mit Zitat      
Hallo,
ich habe das Problem gelöst.
Um PeakPicker auszuführen muss man seine Bash ein bisschen einrichten.
Ich habe die Abhängigkeiten in mein ~/.bash_profile geschrieben.
Das Skript sieht dann folgendermassen aus:
Code:

#!/bin/bash
source ~/.bash_profile
PeakPicker -ini $1 -in $2 -out $3 -type wavelet
 

Danke für die Hilfe.

Grüsse
2pol
 
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