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Speichern bzw. schreiben einer .mat-Datein in .txt-Datei
 

Thomas K
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     Beitrag Verfasst am: 24.07.2012, 17:45     Titel: Speichern bzw. schreiben einer .mat-Datein in .txt-Datei
  Antworten mit Zitat      
Hallo,

ich habe eine Matrix mit ca. 672000x322 Einträgen und möchte diese in einer Textdatei abspeichern. Mein Code tut auch das was ich mir vorstelle, jedoch dauert dieser Schreibvorgang sehr, sehr lange. Hat jemand eine Idee wie man das effizienter und schneller machen kann? Habe auch schon das Forum durchgesehen, aber etwas wirklich hilfreiches noch nicht gefunden.

Hier mein Code:
Code:
fid = fopen('test.txt','wt');
for i=1:size(M,1)
    for j=1:size(M,2)
        fprintf(fid, [num2str(M(i,j)) ',']);
    end
    fprintf(fid,'\n');
end

M ist die Matrix, die Elemente in den Zeilen sollen in der Textdatei durch Beistriche getrennt sein.

Freundliche Grüße, Thomas
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Thomas K
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     Beitrag Verfasst am: 25.07.2012, 08:41     Titel:
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Ich habe jetzt versucht die Schleife zu parallelisieren, bekomme aber immer die Fehlermeldung:

Error using parallel_function (line 598)

Invalid file identifier. Use fopen to generate a valid file identifier.

Error stack:
(No remote error stack)

Hier ist wieder mein Code:
Code:
matlabpool open 6

fid = fopen('S4_4_B010_neu.txt','wt');
n = size(Data,1);
m = size(Data,2);
parfor i=1:n
    for j=1:m
        fprintf(fid, [num2str(Data(i,j)) ',']);
    end
    fprintf(fid,'\n');
end
save('Data.mat','Data','-v7.3');
t = toc

matlabpool close


Kann mir jemand sagen was nicht stimmt?

Gruß, Thomas.
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Harald
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     Beitrag Verfasst am: 25.07.2012, 09:08     Titel:
  Antworten mit Zitat      
Hallo,

Parallelisieren geht hier in dieser Form nicht: die Iterationen einer parfor-Schleife müssen voneinander unabhängig sein.

Was man jedoch ausnutzen sollte ist, dass fprintf vektorisiert ist.

Code:
fid = fopen('test.txt','wt');
fprintf(fid, [repmat('%f,', 1, size(M,2)) '\n'], M');
fclose(fid);


Für eine 1000x50 - Testmatrix bin ich da über 100 Mal schneller.
Bei M das Transponieren nicht vergessen!

Grüße,
Harald
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Thomas K
Themenstarter

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     Beitrag Verfasst am: 25.07.2012, 10:23     Titel:
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Hallo Harald,

vielen Dank für deine rasche Antwort, du hast mir sehr geholfen dein Skript arbeitet sehr schnell und ist eigentlich genau das was ich gesucht habe (statt ca. 8h jetzt 150 s). Allerdings ist die Datei jetzt ungefähr 3 mal so groß (2GB), d.h. man kann sie mit dem Editor nicht mehr verarbeiten.

Vielleicht liegt das daran, dass die Einträge in der Form 1.000000 (bei einer Testmatrix mit lauter Einsen) gespeichert werden. Meine Frage ist, wie man unnötige Nachkommastellen weglassen kann?

Gruß, Thomas
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Harald
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     Beitrag Verfasst am: 25.07.2012, 10:30     Titel:
  Antworten mit Zitat      
Hallo,

da hilft die Dokumentation von FPRINTF:

%g statt %f verwenden.

Grüße,
Harald
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