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Suche Datenstruktur, um Resultate+Metadaten zu speichern
 

Levin
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     Beitrag Verfasst am: 31.10.2020, 07:10     Titel: Suche Datenstruktur, um Resultate+Metadaten zu speichern
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Hallo,

Mein Skript analysiert Messwert-Dateien (>1000 Dateien) in Abhängigkeit der Metadaten der Datei mit jeweils unterschiedlichen Methoden. Ich suche nun eine geeignete Datenstruktur, um die Resultate+Metadaten der jeweils analysierten Datei abzuspeichern, sodass ich im Nachgang z.B. den Durchschnitt (u.a.) der Resultate, die die gleichen Metadaten aufweisen, berechnen kann. Pro analysierter Datei werden 3-5 Kennwerte (in Abhängigkeit der gewählten Methode) und 1 Vektor (Länge>1e5) berechnet, zudem 4 Metadatenwerte. Ich habe mir überlegt, einen structure array zu nutzen, also etwas in der Form:
Code:
results=struct
results.metadata=struct
results.metadata.metaval1='val'
results.results=struct
results.results.resultsType1=val

und dann die Ergebnisse einer Metadatengruppe 'group1' wie folgt zu filtern:
Code:
idx = strcmp('val1',{results.metadata.metaval1}) & strcmp('val2',{results.metadata.metaval2}) & strcmp('val3',{results.metadata.metaval3}) & strcmp('val4',{results.metadata.metaval4}) ;
group1_resultType1 = results(idx).resultType1;


Hat jemand vlt Verbesserungsvorschläge? Zb, vlt eine andere Datenstruktur als struct-arrays, oder eine bessere Idee, die Resultate+Metadaten anzuordnen, um später einfacher darauf zugreifen zu können, und damit weitere Berechnungen anzustellen.
thx!
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Harald
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     Beitrag Verfasst am: 31.10.2020, 10:56     Titel:
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Hallo,

das Struct Array ist ein sinnvoller Ansatz.
In der Abfrage meinst du vermutlich | statt &. Deutlich einfacher ginge die Abfrage mit ismember. Ich würde mir auch Strings ansehen. Die sind in vielerlei Hinsicht angenehmer in der Handhabung als char Arrays.

Grüße,
Harald
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Levin
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     Beitrag Verfasst am: 31.10.2020, 11:25     Titel:
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Hallo,

Danke für das schnelle Feedback und den Tip mit den Strings!

Ich habe '& ' benutzt (vielleicht irre ich mich auch!), da jede Datei immer 4 Metadatenparameter ausgeben muss. Es müssen also alle 4 Metadaten-'Variablen' einen Wert zugeordnet bekommen; Dateien einer Gruppe müssen in allen 4 Metadaten-Parametern übereinstimmen (sie unterscheiden sich lediglich im Messdatum, dass ich in ein 5. Metadaten-Feld abspeichern würde).

Viele Grüße
Levin
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Harald
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     Beitrag Verfasst am: 31.10.2020, 11:33     Titel:
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Hallo,

sorry, ich hatte übersehen, dass metavaln hochgezählt wird. Dann brauchst du in der Tat &. Strings sollten dennoch helfen, da du dann statt strcmp == verwenden kannst.

Grüße,
Harald
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Levin
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     Beitrag Verfasst am: 31.10.2020, 11:40     Titel:
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Hallo,

Vielen Dank, die Tips machen das Abspeichern besser! Smile

Viele Grüße

Levin
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Levin
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     Beitrag Verfasst am: 02.11.2020, 17:43     Titel:
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Hallo!

Jetzt habe ich nochmal ein Problem: in meine results-structure wird für i=1 , der Wert überschrieben, sobald ich eine Iteration (i=2) weitergehe. Also, save2struct(1,"f1","Caco2","37","0.05","up") fügt alles korrekt in metadata ein, aber für save2struct(2,"f2","Caco2","37","0.05","up") wird results.metadata überschrieben.

Ich habe leider gerade Tomaten auf den Augen: vielleicht kann mir jemand weiterhelfen, auch für den Fall, dass man die Funktion etwas eleganter schreiben könnte!

Code:
function save2struct(i,sampleType,cellType,temperature,concentration,...
                     experimentType)
list=dir('*.mat');
list_filename={list.name};
if isempty(strcmp(list_filename,'results.mat'))==1
    load results
    results(i).metadata.sampleType=sampleType
    results(i).metadata.cellType=cellType;
    results(i).metadata.temperature=temperature;
    results(i).metadata.concentration=concentration;
    results(i).metadata.experimentType=experimentType;
else
    results=struct;
    results.metadata=struct;
    results.results=struct;
    results.metadata.sampleType=struct;
    results.metadata.cellType=struct;
    results.metadata.temperature=struct;
    results.metadata.concentration=struct;
    results.metadata.experimentType=struct;
    results(i).metadata.sampleType=sampleType
    results(i).metadata.cellType=cellType;
    results(i).metadata.temperature=temperature;
    results(i).metadata.concentration=concentration;
    results(i).metadata.experimentType=experimentType;
end
save('results.mat','results')
end


Viele Grüße
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Levin
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     Beitrag Verfasst am: 02.11.2020, 18:13     Titel:
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Hallo,

es lag daran, dass 'results.mat' nicht geladen wurde, ich habe nun die if-condition ersetzt:

Code:
isempty(find(ismember(list_filename,'results.mat')==1))==0


bestimmt nicht die beste Lösung, aber es funktioniert.
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Harald
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     Beitrag Verfasst am: 02.11.2020, 18:14     Titel:
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Hallo,

ich würde das im Debugging-Modus durchgehen. Meine Vermutung ist, dass das Problem
Code:
isempty(strcmp(list_filename,'results.mat'))==1


strcmp sollte ja einen true/false-Vektor zurückgeben. Welchen Sinn macht es, darauf isempty anzuwenden? Das wird ja nie leer sein. Wenn, dann müsste man eher
Code:
~any(strcmp(list_filename,'results.mat'))

verwenden?
Wenn du wissen willst, ob es eine results.mat gibt, ist der einfachste Weg isfile , alternativ exist .

Grüße,
Harald
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Levin
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     Beitrag Verfasst am: 02.11.2020, 18:27     Titel:
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Hallo!

Ja, mit isfile ist es der beste Weg:
Code:
if isfile('results.mat')==1


Vielen Dank!
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Harald
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     Beitrag Verfasst am: 02.11.2020, 21:27     Titel:
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Hallo,

das "==1" kannst du auch weglassen. :)

Grüße,
Harald
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Levin
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     Beitrag Verfasst am: 03.11.2020, 07:21     Titel:
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Hallo!

Perfekt, danke Smile, dann hab ich wohl mit Kanonen auf Spatzen geschossen Smile Smile

Viele Grüße
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