Zeilen aus großer sparse-Matrix übernehmen

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Verfasst am: 27.10.2009, 14:32 Titel: Zeilen aus großer sparse-Matrix übernehmen

Hallo!

Ich habe folgendes Problem: Ich habe eine sparse-Matrix der Größe 200.000x200.000 mit ca. 300.000 Einträgen, maximal zwei Stück pro Zeile. Die Matrix ist außerdem sparse und logical.
Jetzt habe ich noch einen logischen 200.000x1-Vektor v, der mir sagt, welche Zeilen der alten Matrix ich in meine neue übernehmen will.
Der Aufruf

Code:

A_neu(v,:)=A_alt(v,:);

Funktion ohne Link?

dauert ganze 30 Sekunden! Und hier liegt das Problem, denn ich muss den Aufruf ca. 100.000x ausführen.
Auch wenn ich ein pre-allocating mache mit

Code:

r=length(A_alt);
A_neu=spalloc(r,r,10*r);

Funktion ohne Link?

ändert sich nichts an der Laufzeit.

Einen Test habe ich mal gemacht mit

Code:

[a,b]=find(A_alt(v,:));
for i=1:length(a)
A_neu(a(i),b(i))=1;
end

Funktion ohne Link?

Hier dauert es so lange, dass ich abbrechen muss bzw. MATLAB sogar über den Taskmanager schließen muss, weil der Strg-C-Befehl nicht geht!

Was läuft hier falsch? Danke für eure Antworten!


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